领导同意的特殊考勤，在符合法律法规及公司规章制度的前提下，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性基础
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和工作需要，制定合理的劳动规章制度。这些规章制度中，可以包括对考勤管理的具体规定。
- 只要特殊考勤的安排不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工作时间限制等），且经过合法程序制定并公示，那么这种特殊考勤就是合法的。
公司规章制度层面：
- 公司规章制度是用人单位与劳动者之间约定权利义务的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了特殊考勤的适用条件、程序及后果，并且这些规定不违反法律法规，那么领导同意的特殊考勤就是基于公司规章制度的合法行为。
二、特殊考勤的合法性条件
双方协商一致：
- 特殊考勤的安排应当基于用人单位与劳动者之间的协商一致。领导作为用人单位的代表，其同意特殊考勤的行为应当视为用人单位的意思表示。但前提是，这种同意应当是基于与劳动者的充分沟通和协商。
不违反法律法规：
- 特殊考勤的安排不得违反法律法规的强制性规定。例如，不能通过特殊考勤来规避支付加班费、最低工资等法定义务。
合理性与公平性：
- 特殊考勤的安排应当具有合理性和公平性。不能仅因领导的个人意愿或偏好而随意安排特殊考勤，否则可能引发劳动争议。
三、可能存在的法律风险及防范
法律风险：
- 如果特殊考勤的安排违反了法律法规或公司规章制度，或者未经劳动者同意而强行实施，那么用人单位可能面临劳动争议、行政处罚等法律风险。
防范措施：
- 用人单位在制定和实施特殊考勤制度时，应当确保制度内容的合法性和合理性。
- 应当与劳动者进行充分沟通和协商，确保特殊考勤的安排得到劳动者的认可和同意。
- 应当建立完善的考勤管理制度和记录机制，以便在发生劳动争议时提供有力的证据支持。
四、实际操作建议
- 明确制度：用人单位应当制定明确的考勤管理制度，包括特殊考勤的适用条件、程序及后果等。
- 充分沟通：在实施特殊考勤前，应当与劳动者进行充分沟通和协商，确保双方对特殊考勤的安排有清晰的认识和同意。
- 记录留存：应当建立完善的考勤记录机制，对特殊考勤的安排和实施情况进行详细记录，以便在需要时提供证据支持。
总结来说，领导同意的特殊考勤在符合法律法规及公司规章制度、经过双方协商一致、不违反法律法规强制性规定且具有合理性和公平性的前提下，是合法的。但用人单位在实施特殊考勤时应当谨慎操作，确保制度内容的合法性和合理性，并与劳动者进行充分沟通和协商。如果您在特殊考勤方面遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。