公司针对个别员工制定特殊考勤制度，这一行为是否违法，需分情况讨论：
若特殊考勤制度缺乏合理理由，且未与员工协商一致：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。若公司仅针对个别员工制定特殊考勤制度，且该制度缺乏合理理由（如员工身体状况、工作性质等并不需要特殊考勤），同时未与员工进行协商并达成一致，那么这种行为很可能构成对员工权益的侵犯，是违法的。
- 举例：假设公司仅因某员工与上级关系不佳，便单方面对其实施更为严格的考勤制度，而该员工的工作性质并不需要如此严格的考勤，且公司未与该员工进行任何协商，那么这种行为就可能被视为违法。
若特殊考勤制度有合理理由，且已与员工协商一致：
- 如果公司能够证明针对个别员工制定的特殊考勤制度是基于合理的理由（如员工因健康原因需要特殊的工作时间安排，或者员工的工作性质决定了需要特殊的考勤方式），并且已经与员工进行了充分的协商，并达成了书面或口头的协议，那么这种行为通常是合法的。
- 举例：某员工因患有慢性疾病，需要定期接受治疗，公司根据其实际情况，为其制定了灵活的工作时间和考勤制度，并与该员工进行了协商，双方达成了一致。在这种情况下，公司的行为就是合法的。
特殊考勤制度违反法律法规的强制性规定：
- 无论公司是否有合理理由，也无论是否与员工协商一致，如果特殊考勤制度违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工作时间限制、休息休假规定等），那么这种行为肯定是违法的。
- 举例：公司制定的特殊考勤制度要求员工每天工作超过8小时，且不支付加班费，这明显违反了《劳动法》中关于工作时间和加班费的规定，因此是违法的。
法律建议：
- 对于公司而言，在制定特殊考勤制度时，应确保有合理的理由，并与员工进行充分的协商，达成一致后再实施。同时，应确保考勤制度不违反法律法规的强制性规定。
- 对于员工而言，如果公司单方面制定了针对自己的特殊考勤制度，且认为该制度不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，要求公司进行修改或撤销。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司针对个别员工制定的特殊考勤制度被认定为违法，公司可能需要承担相应的法律责任，包括支付加班费、赔偿金等，并可能面临劳动监察部门的处罚。同时，这种违法行为还可能影响公司的声誉和员工关系，对公司的长期发展产生不利影响。
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