关于部门单设自己的考勤制度是否合法的问题，这主要取决于该考勤制度的制定、内容、程序以及执行等多个方面是否符合相关法律法规的要求。以下是对此问题的详细解答：
一、考勤制度的制定主体
首先，考勤制度作为企业内部的规章制度，其制定主体应当是用人单位，而非某个部门或个人。即使某个部门或高管参与了考勤制度的制定，最终也应以企业的名义进行发布和公示，以确保其合法性和有效性。
二、考勤制度的内容合法性
考勤制度的内容必须合法，不得与《劳动合同法》、《劳动法》等相关法律法规相违背。例如，考勤制度中不得设定不合理的迟到、早退惩罚措施，不得侵犯员工的合法权益，如休息权、隐私权等。
三、考勤制度的合理性
除了合法性外，考勤制度的内容还应具备合理性。用人单位在制定考勤制度时，应充分考虑员工的实际情况和工作需求，制定合乎常理的规章制度。例如，对于因特殊情况（如交通拥堵、突发疾病等）导致的迟到或早退，应给予一定的宽容和理解。
四、考勤制度的制定程序
考勤制度的制定以及确认需要经过民主程序。这意味着，考勤制度的制定过程应公开透明，需要全体员工或职工代表参与讨论，并由单位与工会或职工协商确定规章制度的文本。这一程序有助于确保考勤制度的公正性和合理性，同时也有助于增强员工对考勤制度的认同感和遵守意愿。
五、考勤制度的公示与告知
考勤制度制定完成后，应向单位的全体员工进行公示或告知。这是确保考勤制度得以有效执行的关键环节。如果考勤制度没有向员工进行公示或告知，那么对员工是不具备约束力的。因此，用人单位应通过适当的方式（如内部公告、员工手册、电子邮件等）将考勤制度告知全体员工，并确保员工能够充分理解并遵守。
六、考勤制度与劳动合同或集体合同的一致性
最后，考勤制度的内容应与劳动合同或集体合同的约定保持一致。如果用人单位制定的考勤制度与劳动合同或集体合同的内容不一致，那么劳动合同或集体合同具有优先适用性。这有助于维护劳动关系的稳定性和公平性。
实际应用中的注意事项
避免滥用管理权：用人单位在制定和执行考勤制度时，应避免滥用管理权，更不能将考勤制度作为变相裁员的手段。考勤制度应旨在维护企业的正常运营秩序和员工的合法权益，而非用于惩罚或解雇员工。
给予员工整改机会：对于员工出现的考勤违纪行为，用人单位应给予一定的整改机会。在通知员工整改后，如果员工仍然未整改或继续违反考勤制度，用人单位再依据规章制度进行处理，这样更符合公平、公正的原则。
合理期限内的追责：用人单位在追责员工的考勤违纪行为时，应受到合理期限的限制。一般来说，如果超过一定期限（如一年）没有行使劳动合同解除权，可以考虑超过了合理期限。这有助于防止用人单位滥用追责权，保护员工的合法权益。
综上所述，部门单设自己的考勤制度在符合上述条件的情况下是合法的。但用人单位在制定和执行考勤制度时，应充分考虑员工的实际情况和工作需求，确保考勤制度的合法性、合理性、公正性和有效性。