公司内部分部门考勤、分部门不考勤的做法是否合法，需结合公司规章制度及劳动法规来判断。具体分析如下：

一. 公司规章制度的合法性

1. 公司自治权：公司有权根据自身的经营特点和需要，制定相应的考勤管理制度。这种自治权是公司管理自主权的一部分，但必须在法律允许的范围内行使。
2. 规章制度的内容：公司制定的考勤制度应当明确、合理，且不得违反国家法律法规和劳动政策。例如，考勤制度应规定考勤的具体方式、时间、迟到早退的处罚措施等，并确保这些规定不违反劳动法关于工作时间、休息休假等强制性规定。

二. 劳动法规的约束

1. 劳动法的基本原则：根据《中华人民共和国劳动法》，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日，并合理安排工作时间。考勤制度不得剥夺或限制劳动者的这些基本权利。
2. 平等原则：劳动法强调同工同酬、平等对待的原则。如果公司内部分部门考勤、分部门不考勤的做法导致相同岗位或相似工作的劳动者在待遇或工作条件上受到不公正对待，就可能违反平等原则。

三. 合法性判断

1. 符合法律法规：如果公司的考勤制度是在法律允许的范围内制定的，且没有违反劳动法的基本原则和强制性规定，那么这种分部门考勤、分部门不考勤的做法就是合法的。
2. 可能存在的问题：然而，如果考勤制度存在不合理之处，如过度限制劳动者的休息权利、对不同部门的劳动者实行不公平的待遇等，就可能构成违法。此时，劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，公司内部分部门考勤、分部门不考勤的做法是否合法，关键在于公司的考勤制度是否符合国家法律法规和劳动政策的要求。我建议公司应制定合理、合法的考勤制度，并确保所有员工都受到公平、公正的对待。如有进一步需要，您可以继续咨询我。