单位节假日上班不算考勤但算加班，这一做法在法律上是否合法，需分情况讨论：
从加班工资支付的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这意味着，无论单位是否将节假日上班计入考勤，只要劳动者在节假日实际提供了劳动，单位就必须支付加班费。因此，如果单位在节假日安排员工上班，并按照法律规定支付了加班费，那么即使不算考勤，这一做法在法律上也是合法的，因为核心在于加班费的支付。
从考勤管理规定的角度：
- 考勤管理是用人单位内部管理的一部分，通常用于记录员工的工作时间、出勤情况等。单位有权根据自身情况制定考勤管理规定，但这些规定不得违反法律法规的强制性规定。如果单位的考勤管理规定中明确排除了节假日上班的考勤记录，但同时又按照法律规定支付了加班费，那么这一规定在内部管理上是有效的，且不违反法律。然而，如果单位因此拒绝支付加班费，或者以不算考勤为由否认员工的加班事实，那么这一做法就是违法的。
从员工权益保护的角度：
- 员工在节假日上班，除了有权获得加班费外，还有权享受相应的休息休假权益。如果单位长期要求员工在节假日上班，且未给予足够的补休或加班费，那么员工的休息休假权益将受到侵害。在这种情况下，即使单位不算考勤，员工也有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议：
- 对于员工而言，如果单位在节假日安排上班，应首先确认单位是否会支付加班费。如果单位拒绝支付或未明确支付，员工有权要求单位按照法律规定支付加班费，并保留好相关证据（如加班通知、工作记录等）。
- 对于单位而言，应制定合理的考勤管理规定，并确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。同时，在安排员工节假日上班时，应按照法律规定支付加班费，以维护员工的合法权益和单位的良好形象。
总结：单位节假日上班不算考勤但算加班的做法，在法律上是否合法取决于单位是否按照法律规定支付了加班费。如果支付了加班费，则这一做法在法律上通常是合法的；如果未支付加班费或以不算考勤为由否认加班事实，则这一做法是违法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。