结论：公司自己出钱发工资是合法的，但考勤管理需符合法律规定，且工资支付方式需合规。以下是具体分析：

1. 工资支付主体与合法性
   根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第五条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，支付主体是用人单位（即公司）。只要公司使用自有资金（包括法定代表人或股东个人账户转账，但需注明“工资”并附公司授权证明）按时足额支付工资，不违反法律强制性规定。
   例外情形：若公司通过第三方代发工资（如劳务派遣、人力资源公司），需签订书面协议并明确权责，否则可能涉及“未依法支付工资”的风险。

2. 考勤管理与工资扣除的合法边界
   公司有权制定考勤制度（如迟到、旷工扣款），但需满足以下条件：

   • 制度合法性：考勤规则需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能因“未告知劳动者”被认定无效；
     
   • 扣款合理性：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者原因造成经济损失的，每月扣款不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工旷工1天，公司不能直接扣除全天工资的300%（除非制度明确且合法）。
     

3. 常见风险点与合规建议

   • 风险1：以“考勤不达标”为由变相克扣工资（如未达业绩目标扣基本工资）。
     合规操作：基本工资与绩效工资需在劳动合同中明确区分，绩效扣减需有量化标准并经员工签字确认。
     
   • 风险2：要求员工缴纳“考勤保证金”或以现金形式支付工资。
     合规操作：禁止收取押金（《劳动合同法》第九条），工资必须通过银行转账或现金签字领取（留存凭证）。
     
   • 风险3：未保留考勤记录或工资条。
     合规操作：公司需保存至少2年的考勤和工资支付记录，员工签字确认的工资条是维权关键证据。
     

总结：公司自主管理考勤并支付工资本身合法，但需确保制度透明、扣款有据、支付留痕。若遇到公司以考勤为由恶意扣款或拖欠工资，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。如有具体案例细节，可进一步向我咨询。