公司因考勤扣工资是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、合法性判断的关键因素
公司规章制度：
- 公司若要在考勤方面扣除员工工资，其规章制度中必须明确规定考勤制度，并且该制度需经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），同时向劳动者进行公示或告知。若规章制度未经过上述程序，或未对劳动者进行公示或告知，则公司据此扣考勤工资是不合法的。
扣除数额的合理性：
- 扣除的考勤工资数额应符合法律规定，一般不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若扣除数额过高，超出了法律规定的限度，或导致劳动者工资低于最低工资标准，则公司的扣款行为是不合法的。
- 计算公式示例：假设劳动者月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，则每月最多可扣除的考勤工资为（5000-2000）*20%=600元（实际扣除应基于具体违规情况，此仅为示例计算）。若扣除超过600元，则可能违法。
考勤记录的准确性：
- 公司的考勤记录应准确无误，反映员工的真实出勤情况。若考勤记录存在错误，如将正常出勤记录为旷工，从而扣除考勤工资，这种情况是不合法的。
工资构成的影响：
- 基本工资和固定福利是劳动者应得的报酬，不能随意扣除。若公司无故扣除这部分工资作为考勤罚款，是不合法的。奖励性待遇（如绩效奖金）的扣除则需基于合理的考勤制度或合同条款，否则也可能构成非法扣除。
二、应对措施
与公司协商：
- 首先尝试与公司进行友好协商，了解扣工资的具体原因，并要求公司给出合理解释。如因打卡记录问题导致的扣工资，可提出异议并要求公司重新核查。
投诉举报：
- 若协商无果，可向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其对公司的行为进行调查并采取措施保护劳动者权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若投诉举报后问题仍未解决，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据以支持自己的主张。对仲裁结果不服的，还可向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
三、注意事项
保留证据：
- 在维权过程中，务必妥善保留并整理各类相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
了解法律：
- 建议劳动者在维权前了解相关的劳动法律法规，如《中华人民共和国劳动法》、《工资支付暂行规定》等，以便更好地维护自己的权益，并确保自己的行为符合法律规定。
总结来说，公司因考勤扣工资的合法性取决于公司的规章制度、扣除的数额、考勤记录的准确性以及劳动者的基本工资构成等因素。劳动者在面对此类问题时，应首先了解公司的规章制度和扣款依据，然后采取合适的应对措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。