公司以绩效考核为由扣工资，在符合法律规定的条件下是合法的，但若违反相关法律规定则不合法。以下是对此问题的详细分析：

合法情形及条件

1. 制度依据：

   • 公司应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，且这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。这是确保制度合法性的基础，也是公司扣减工资的前提。
   • 绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容，确保考核的公正性和透明度。

2. 合同约定：

   • 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。这是双方权益保障的重要依据。
   • 若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则公司有权根据绩效考核结果扣减工资。

3. 合理性与公正性：

   • 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。公司应遵循既定的考核流程，避免主观随意性。
   • 扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。一般来说，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

4. 法律底线：

   • 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准，这是保障劳动者基本生活的法定底线。
   • 扣减工资的行为不得违反《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。

不合法情形及后果

1. 无制度或合同依据：

   • 若公司未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则公司无权擅自扣减劳动者的工资。

2. 考核过程不公正：

   • 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则公司基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。

3. 违反法律底线：

   • 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则公司的行为构成违法。

4. 法律后果：

   • 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并承担相应的法律责任。这可能包括支付赔偿金、恢复劳动关系等。

劳动者权益保护建议

• 仔细审查劳动合同：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于绩效考核与工资挂钩的条款，确保自身权益得到保障。
• 与公司协商：如认为公司以绩效考核为由扣工资的行为不合法，劳动者可与公司进行协商解决，表达自己的意见和诉求。
• 寻求法律帮助：若协商无果，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。在必要时，也可以向人民法院提起诉讼。

综上所述，公司以绩效考核为由扣工资是否合法，取决于其绩效考核制度是否合法、合理，并且与劳动者的工资挂钩是否经过明确约定。劳动者在遇到此类问题时，应充分了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求法律帮助以确保自身权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。