结论：劳动法中并未直接规定“谁发工资谁负责考勤”为合法或非法，但考勤与工资发放主体的关系需结合实际情况及法律规定来判断。一般来说，考勤与工资发放主体一致是常见且合理的做法，但并非绝对要求，关键在于是否符合劳动合同约定及法律规定。
详细分析：
考勤与工资发放主体的关系：
- 常见做法：在大多数情况下，考勤记录由用人单位（即实际支付工资的主体）进行管理和保存，因为考勤直接关联到员工的出勤情况，进而影响到工资的计算和发放。这种做法有助于确保工资的准确性和公平性。
- 特殊情况：然而，也存在一些特殊情况，如用人单位将考勤管理外包给第三方服务机构，或者存在关联企业间代发工资的情况。在这些情况下，考勤与工资发放主体可能不一致，但只要这种安排符合劳动合同的约定，且不违反相关法律法规，仍然是合法的。
法律依据：
- 劳动合同约定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定工作内容、工作地点、工作时间和休息休假、劳动报酬等事项。因此，如果劳动合同中明确约定了考勤管理主体和工资发放主体，且双方均按照约定履行，那么这种安排就是合法的。
- 法律法规要求：虽然劳动法并未直接规定考勤与工资发放主体的关系，但要求用人单位必须建立、健全劳动考勤制度，并按照规定支付劳动者工资。这意味着，无论考勤管理主体是谁，用人单位都有责任确保考勤记录的准确性和工资的及时发放。
可能存在的法律风险：
- 如果考勤与工资发放主体不一致且未明确约定：在这种情况下，如果发生劳动争议，如工资计算错误、考勤记录不实等，可能会给劳动者和用人单位带来不必要的麻烦和损失。因此，建议双方在劳动合同中明确约定考勤管理主体和工资发放主体，以避免潜在的法律风险。
- 如果考勤管理存在违规行为：无论考勤管理主体是谁，如果其存在篡改考勤记录、虚假考勤等违规行为，都可能构成对劳动者权益的侵害，并可能面临法律责任。
建议：
- 对于劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于考勤管理和工资发放的部分。如果发现合同中存在不明确或不合理的地方，应及时与用人单位沟通并协商修改。
- 对于用人单位：应建立健全的考勤管理制度，并确保考勤记录的准确性和公正性。同时，在将考勤管理外包给第三方服务机构或存在关联企业间代发工资的情况下，应明确各方责任和义务，并签订书面协议以避免潜在的法律风险。
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