领导以考勤问题扣工资是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果考勤记录真实且员工认可：
- 若考勤记录准确无误，且员工对考勤情况无异议，那么领导依据真实的考勤记录对员工进行合理的工资扣减（如迟到、早退、旷工等按照公司规章制度扣减相应工资），这是合法的。因为公司有权根据规章制度对员工进行管理，包括工资的发放与扣减。
如果考勤记录未经员工签字确认且员工不认可：
- 在这种情况下，考勤记录的证明力可能会受到质疑。根据相关司法实践，考勤记录作为劳动争议中的重要证据，如果未经员工签字确认，且员工不认可，同时公司没有其他证据（如监控视频、证人证言、请假申请/记录等）进行佐证，那么法院或仲裁机构可能会否认考勤记录的证明力。此时，领导仅凭未经确认的考勤记录扣减员工工资，可能构成违法。因为公司未能提供充分证据证明员工存在应扣减工资的情形。
如果公司规章制度不合法或未告知员工：
- 即使考勤记录真实且员工签字确认，但如果公司的规章制度中关于工资扣减的规定不合法（如扣减比例过高、扣减情形不合理等），或者公司未将规章制度告知员工，那么领导依据这样的规章制度扣减员工工资也是违法的。因为公司规章制度必须合法且经过民主程序制定，并告知员工才能对员工产生约束力。
法律建议：
对于员工：
- 如果对考勤记录或工资扣减有异议，应及时与公司沟通并要求核实。
- 保留好相关证据（如工资条、考勤记录截图、沟通记录等），以便在发生争议时维护自己的合法权益。
- 如果认为公司行为违法，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于公司：
- 确保考勤记录的准确性和完整性，并定期与员工进行核对和签字确认。
- 制定合法合理的规章制度，并经过民主程序制定和告知员工。
- 在扣减员工工资时，确保有充分证据证明员工存在应扣减工资的情形，并遵循合法合理的扣减比例和程序。
可能后果：
- 如果公司违法扣减员工工资，可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
- 如果员工因此提起劳动仲裁或诉讼，公司还可能面临声誉损失和额外的法律费用支出。
总之，领导以考勤问题扣工资是否违法，取决于考勤记录的真实性、员工的认可情况、公司规章制度的合法性以及是否告知员工等多个因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。