关于用人单位考勤制度的合法性，这主要取决于考勤制度中的具体规定是否符合国家相关法律法规的要求。以下是一些关于考勤制度合法性的关键点，供您参考：
一、合法扣工资的情形
迟到扣款：
- 劳动者如存在肆意迟到等行为，属于违反劳动纪律。企业和雇主为了维护自身合法权益，进行合乎情理的考勤扣款是被允许的。
- 但扣款金额应合理，不得超出员工正常日薪的范围。超出部分则可能被视为不合法。
请假扣款：
- 劳动者请事假时，用人单位可以扣除请假当天的工资。
- 剩余月工资的计算方式应为：(21.75天-请假天数)×日工资，这是符合法律规定的。
- 若用人单位规定请假期间扣除员工正常工资以上甚至3倍的工资，这样的规定显然违法。
其他合法扣款：
- 用人单位可以代扣劳动者工资的情形包括：代扣代缴的个人所得税、应由劳动者个人负担的各项社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费或赡养费，以及法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
- 若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
二、不合法扣工资的情形
工作绩效未达标扣工资：
- 工资是用人单位使用劳动者的劳动力所必须支付的报酬。用人单位以员工考核未达标为由克扣工资是违法的。
孕期产检扣工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，检查期间的工时应按出勤对待，不能按病假、事假、旷工处理。因此，用人单位因女职工请假去做产前检查而罚款属于违法行为。
以捐赠为由扣工资：
- 根据《中华人民共和国公益事业捐赠法》的规定，捐赠应当是自愿和无偿的，禁止强行摊派或者变相摊派。任何用人单位都不得以捐款的名义强行扣除职工工资。
员工辞职扣工资：
- 一些用人单位为避免员工辞职，故意拖欠和克扣员工工资，这也属于违法行为。根据《中华人民共和国劳动法》的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
三、其他注意事项
- 用人单位的考勤制度应当依法制定，并经职代会批准或公示，确保员工知晓并同意。
- 考勤制度中的规定应当合理、公正，不得侵犯员工的合法权益。
- 若员工对考勤制度有异议，可以向用人单位提出，或向劳动监察部门投诉。
综上所述，用人单位的考勤制度是否合法，主要取决于其具体规定是否符合国家相关法律法规的要求。如果您对用人单位的考勤制度有疑问或担忧，建议您仔细阅读相关条款，并咨询专业法律人士或劳动监察部门的意见。