离职两年后，一般情况下不能再就加班费申请劳动仲裁，因为已经超出了法定的仲裁时效期间。但以下是对此问题的详细分析，包括可能的特殊情况：
一、一般情况
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这一时效期间的计算起点是当事人知道或者应当知道自己的权利被侵害之日。对于离职后的劳动者来说，如果他们在离职时就知道自己的加班费权益受到了侵犯，那么应该在一年内提起劳动仲裁。因此，离职两年后，一般情况下已经超出了这一时效期间，劳动者不能再就加班费申请劳动仲裁。
二、特殊情况
然而，也存在一些特殊情况可以影响仲裁时效的计算：
时效中断：如果劳动者在离职后的一年内有向对方当事人主张权利、向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务等行为，这些都会导致仲裁时效的中断。从中断时起，仲裁时效期间会重新计算。这意味着，即使已经过了一段时间，但只要发生了上述任何一种情况，劳动者都可以重新获得一年的仲裁时效期间。
时效中止：如果因不可抗力或者有其他正当理由，劳动者不能在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，那么仲裁时效会中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间会继续计算。这种情况下，劳动者可以在障碍消除后继续行使自己的仲裁权利。
拖欠工资等劳动报酬的特殊情况：虽然劳动者在离职后的一般情况下不能就加班费申请劳动仲裁，但如果劳动争议涉及拖欠工资等劳动报酬，并且劳动者在劳动关系存续期间因为对方拖欠的行为而一直无法获得相应的劳动报酬，那么劳动者可以在终止劳动关系之日起的一年内提出劳动仲裁申请。但这种情况下，劳动者也需要提供充分的证据来证明自己的权益确实受到了侵犯，并且一直在积极寻求解决途径。
三、结论与建议
综上所述，离职两年后，一般情况下劳动者不能再就加班费申请劳动仲裁。但如果存在特定情况导致时效中断或中止，或者劳动争议涉及拖欠工资等劳动报酬且符合相关条件，劳动者仍有可能在法定时限内提起劳动仲裁。因此，劳动者在离职后应及时关注自己的权益问题，并在法定的时效期间内提起劳动仲裁申请。如果错过了时效期间且没有时效中断或中止的情况，劳动者可能会面临无法维权的风险。
如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。