缺勤通常只会扣除相应的基本工资部分，而不应扣除全部工资，全勤工资则视公司具体规定而定。具体分析如下：
一. 缺勤扣基本工资
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第三条，劳动者享有取得劳动报酬的权利。缺勤时，用人单位有权扣除相应的工资，但这通常仅限于基本工资部分，而不应涉及全部工资。基本工资是劳动者提供正常劳动时应得的报酬，缺勤则意味着劳动者未提供全部劳动，因此用人单位可以相应地扣除基本工资。
- 实际操作：在大多数公司的薪酬制度中，缺勤会按照缺勤天数和基本工资标准来计算应扣金额。例如，如果基本工资是月薪制，那么缺勤一天的扣款通常是月薪除以当月天数再乘以缺勤天数。
二. 全勤工资的处理
- 公司规定：全勤工资是公司为了鼓励员工全勤出勤而设立的额外奖励或补贴。它并非劳动法规定的必须支付的部分，而是由公司根据自身情况自行决定的。因此，全勤工资的处理方式应参照公司的具体规定。
- 通常做法：如果公司规定了全勤工资，并且员工因缺勤而未能达到全勤标准，那么公司通常会按照规定扣除相应的全勤工资。但需要注意的是，这并不意味着公司可以随意扣除员工的全勤工资，而是必须按照事先公布的规定执行。
我的观点：缺勤时，用人单位应依法扣除基本工资部分，而不应扣除全部工资。对于全勤工资的处理，则应参照公司的具体规定执行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。