迟到扣全勤后，一般不应再扣基本工资，但具体还需依据公司规章制度及劳动合同的约定来确定。以下从多个角度进行分析：

一、全勤与基本工资的性质

1. 全勤：全勤通常指的是员工在一个月内未出现迟到、早退、旷工等违反公司考勤制度的行为，公司因此给予的奖励或补贴。全勤并非员工的法定权利，而是公司为了鼓励员工遵守考勤制度而设定的一种激励机制。
2. 基本工资：基本工资是员工在劳动合同中约定的，按月支付的固定报酬，是员工劳动报酬的主要组成部分。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定，按时足额支付劳动者的工资，不得克扣或者无故拖欠。

二、迟到扣全勤与扣基本工资的合法性

1. 扣全勤：公司可以在规章制度中规定，员工迟到达到一定次数或时间后，将扣除其全勤奖励或补贴。这种规定在合法合规的前提下，是有效的。因为全勤奖励并非员工的法定权利，公司有权根据员工的考勤情况决定是否给予。
2. 扣基本工资：与全勤奖励不同，基本工资是员工的法定权利。除非员工存在严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，且公司规章制度或劳动合同中明确规定了可以扣除基本工资的情形及扣除标准，否则公司不得随意扣除员工的基本工资。迟到行为通常不属于可以扣除基本工资的严重违纪行为。

三、实际操作中的注意事项

1. 公司规章制度：公司应当制定合法合规的规章制度，明确迟到、早退、旷工等行为的处理方式，包括是否扣除全勤、是否扣除基本工资以及扣除的标准等。规章制度应当经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
2. 劳动合同约定：劳动合同是员工与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同中应当明确约定员工的工资构成、支付方式、支付时间以及扣除工资的情形等。如果劳动合同中明确规定了迟到可以扣除基本工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照劳动合同的约定执行。但需要注意的是，这种约定应当合理且公平，不得损害员工的合法权益。
3. 实际操作中的合理性：即使公司规章制度或劳动合同中规定了迟到可以扣除基本工资，公司在实际操作中也应当遵循合理性原则。例如，对于偶尔迟到的员工，公司可以考虑给予警告或口头提醒，而不是直接扣除基本工资；对于多次迟到或严重迟到的员工，公司可以根据规章制度或劳动合同的约定进行相应的处理，但扣除的金额应当合理且不超过法定限额。

四、法律后果

如果公司违反法律法规或劳动合同的约定，随意扣除员工的基本工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发被扣除的工资并承担相应的法律责任。

总结来说，迟到扣全勤后是否再扣基本工资，需依据公司规章制度及劳动合同的约定来确定。但无论如何，公司都不得随意扣除员工的基本工资，否则将面临法律责任。如果您在工资福利方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。