关于“上班迟到扣全勤奖还扣工资是否合理”的问题，结论前置如下：
- 扣全勤奖的合理性：取决于公司规章制度的制定程序、内容合理性及是否符合法律法规。若规章制度合法且员工已知悉并同意，则扣除全勤奖通常合法；反之，则可能构成违法行为。
- 扣工资的合理性：一般情况下，迟到不应直接导致工资扣除，除非劳动合同或规章制度中有明确且合理的规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定。
详细分析如下：
扣全勤奖的合理性
公司规章制度与劳动合同：
- 公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知，才具备法律效力。
- 如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。
法律法规的遵循：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。全勤奖作为工资的一部分（或附加奖励），其扣除也需有合法依据。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。若规章制度中关于全勤奖扣除的规定违反了这些强制性规定，则该规定无效。
规章制度的合理性与公平性：
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。
- 同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施，并确保这些规定得到员工的理解和接受。
扣工资的合理性
一般原则：
- 迟到通常不应直接导致工资扣除。工资是员工提供劳动的对价，除非员工因迟到给公司造成了实际损失，且该损失与迟到有直接因果关系，否则公司无权扣除工资。
特殊情况：
- 如果劳动合同或规章制度中明确规定了迟到将扣除一定比例的工资，并且该规定已经过民主程序制定和公示，且不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定执行可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需确保规定的合理性和公平性。
员工权益的保障
协商与投诉：
- 如果员工认为公司扣除全勤奖或工资的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。
- 协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
审查规章制度：
- 员工应仔细审查公司的规章制度，确保其合法性和合理性。如果发现规章制度中存在违法或不合理之处，可以向公司提出质疑或向相关部门投诉。
实践建议：
公司角度：
- 公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。
- 劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，以确保双方权益的明确性。
- 公司在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
员工角度：
- 员工应仔细阅读并理解公司的规章制度和劳动合同中的相关条款。
- 如果遇到公司不合理扣除全勤奖或工资的情况，应积极与公司沟通协商，并保留好相关证据以备维权之需。
综上所述，上班迟到扣全勤奖还扣工资是否合理，取决于公司规章制度的制定程序、内容合理性及是否符合法律法规的规定。只有在确保各方面都符合法律要求的前提下，公司才能合法地执行相关制度并维护良好的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。