迟到一小时扣全勤奖是否合理，主要取决于公司规章制度、劳动合同的具体约定以及这些约定是否合法合理。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定与规章制度：

   • 如果劳动合同或员工手册等书面文件中明确规定了迟到将影响全勤奖的发放，且这些规定已经过合法程序制定（如经过职工代表大会讨论通过，并向劳动者公示或告知），那么用人单位依据这些规定扣除全勤奖通常是合法的。
   • 然而，如果规章制度或劳动合同中并未明确约定迟到一小时即扣除全勤奖，或者规定本身存在不合理之处（如过于苛刻的考勤标准），那么用人单位的扣奖行为可能缺乏合法依据。

2. 法律法规的遵循：

   • 根据相关法律法规，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当遵循公平、合理、合法的原则，不得损害劳动者的合法权益。
   • 如果用人单位的扣奖行为违反了法律法规的强制性规定，如扣除了劳动者应得的最低工资部分，那么这种行为将被视为违法。

3. 合理性与公平性：

   • 用人单位在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。
   • 同时，用人单位应考虑员工的实际情况和工作性质，设置合理的迟到容忍度和处罚措施，确保规章制度的公正性和可执行性。

4. 员工权益的保障：

   • 如果员工认为用人单位的扣奖行为不合理或不合法，可以首先与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣奖依据。
   • 若协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，迟到一小时扣全勤奖是否合理取决于多个因素的综合考量。如果用人单位的规章制度和劳动合同中有明确且合理的约定，并且遵循了法律法规的要求，那么扣奖行为通常是合法的。然而，如果规定本身存在不合理或违法之处，员工有权提出异议并维护自己的权益。因此，建议用人单位在制定和执行相关规章制度时，应确保其合法性和合理性，以维护良好的劳动关系和员工的合法权益。