迟到一小时扣50元还扣全勤的合理性并非绝对，需从多个角度进行评估。以下是对这一问题的详细分析：
从法律规定角度分析：
- 我国现行法律法规中，并未对“迟到一小时扣50元还扣全勤”作出明确规定。但根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或者职工代表平等协商确定。因此，若该规定未经合法程序制定，或违反了相关法律法规的精神，如排除了劳动者的合法权益，则该规定可能会被认定为无效。
从管理角度分析：
- 用人单位制定迟到扣款和扣全勤的规章制度，可能是为了维护良好的工作秩序和纪律。然而，这种手段的合理性需考虑其对员工的激励效果及可能产生的负面影响。过于严格的惩罚措施可能导致员工产生抵触情绪，影响工作效率和员工士气。全勤奖的设立初衷是激励劳动者保持良好的出勤记录，提高工作效率和积极性，因此，惩罚措施应与这一目的相协调。
从公平角度分析：
- 迟到一小时扣50元还扣全勤的规定，可能对某些员工显得不够公平。不同员工的工作性质、工作内容和工作强度存在差异，一刀切的惩罚措施无法体现个体差异和公平性。此外，如果用人单位在考勤管理上存在不严谨或不合理之处，如考勤记录不准确、迟到时间计算不公正等，也可能导致员工因非自身原因而遭受不公平的待遇。
针对这一问题的建议：
- 与单位沟通：作为劳动者，您应先与用人单位进行沟通，说明迟到一小时就扣50元还扣全勤奖的不合理性，要求用人单位进行调整。这是最直接且成本较低的解决方式。
- 审查规章制度：查看用人单位的规章制度是否经过合法程序制定，并是否进行了公示或告知。若发现违规之处，可向用人单位提出质疑，并要求其进行改正。
- 向劳动监察部门投诉：若与用人单位沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的规章制度进行审查，并责令其进行改正。
- 申请劳动仲裁：作为最后的救济手段，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资和全勤奖。在仲裁过程中，您需提供充分的证据来支持自己的主张，如考勤记录、工资条等。
可能涉及的法律后果：
- 如果用人单位的规章制度未经合法程序制定或违反了相关法律法规的精神，那么该规章制度可能会被认定为无效，用人单位因此扣除的工资和全勤奖可能需要返还给劳动者。
- 如果劳动者因用人单位的违法行为而遭受损失，如因迟到扣款导致生活困难等，劳动者还有权要求用人单位进行赔偿。
综上所述，迟到一小时扣50元还扣全勤的合理性需从多个维度进行评估。用人单位应确保规章制度的合法性和合理性，而劳动者也应积极维护自己的合法权益。如果您在这一问题上遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。