迟到了全勤奖和迟到扣款是两回事，二者可以并行不悖。具体分析如下：

一. 全勤奖与迟到扣款的关系

1. 全勤奖的性质：全勤奖通常作为公司的一种奖励制度，用于激励员工按时出勤、不迟到、不早退。其发放通常基于员工在某一时间段内的出勤情况。
2. 迟到扣款的性质：迟到扣款则是公司针对员工迟到行为的一种惩罚措施，旨在维护公司的正常工作秩序和纪律。
3. 二者并行不悖：全勤奖和迟到扣款在性质上并不冲突。员工即使因迟到被扣款，也不影响其根据公司的全勤奖制度获得相应的奖励（当然，具体还需看公司规定）。同样，员工获得全勤奖也并不意味着其迟到行为可以被免除扣款。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。这意味着，员工的工资和奖励应基于其工作表现和出勤情况来确定。
• 同时，《中华人民共和国劳动法》第九十一条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。但这并不妨碍用人单位根据合理的规章制度对员工进行奖惩。

三. 实际应用

• 例如，某公司规定，员工当月无迟到、早退记录即可获得全勤奖；同时，员工迟到将按公司规定扣除一定数额的工资。在这种情况下，员工如果迟到，虽然会面临扣款，但如果其当月其他出勤情况符合全勤奖的要求，仍然可以获得全勤奖。

我建议，具体还需参考公司的规章制度或劳动合同中的相关约定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。