关于晚上加班迟到是否要扣全勤奖的问题，这主要取决于用人单位与劳动者之间的约定以及规章制度的合理性，以下分情况说明：
有明确规定且合理合法：
- 若劳动合同、员工手册或规章制度中明确规定，包括晚上加班在内的任何迟到情形都将扣除全勤奖，且该规定已经过法定的民主程序制定和公示（如经过职工代表大会讨论、与工会或职工代表平等协商确定等），那么用人单位有权按照规定执行，扣除迟到员工的全勤奖。
无明确规定或规定不合理：
- 若劳动合同、员工手册或规章制度中未明确规定晚上加班迟到将扣除全勤奖，或者规定的内容明显不合理（如将轻微迟到即视为严重违规并扣除全勤奖），那么用人单位以晚上加班迟到为由扣除全勤奖就缺乏依据。在这种情况下，员工有权要求用人单位支付全勤奖。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，用人单位应考虑迟到的具体情形。对于偶尔迟到且有合理原因（如突发交通意外、身体不适等）的员工，用人单位可以酌情考虑不扣除全勤奖，以体现人性化管理。
- 对于经常迟到且无正当理由的员工，用人单位扣除全勤奖则是合理的，这既是对遵守纪律员工的公平对待，也是维护正常工作秩序的必要措施。
公司规章制度的制定原则：
- 公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。规章制度的内容不得违反国家法律法规的规定，且应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。
建议：
- 作为员工，应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是关于全勤奖的扣除规定。如果认为公司的规定不合理或存在疑问，可以及时向人力资源部门或上级领导咨询。
- 作为用人单位，在制定规章制度时应确保其内容的合法性和合理性，并在执行过程中遵循人性化管理的原则。同时，应加强对员工的培训和宣传，确保员工了解并遵守公司的规章制度。
总结：
晚上加班迟到是否要扣全勤奖，并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要综合考虑劳动合同的约定、规章制度的合理性以及实际操作中的具体情况。如果你对此有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。