迟到打卡是否会扣全勤奖金，主要取决于劳动合同、员工手册或其他书面文件中的具体约定，以及这些约定是否合理且符合法律法规。 以下是对此问题的详细分析：

1. 合同与规章制度约定

   • 有明确约定：如果劳动合同、员工手册或公司规章制度中明确规定了迟到属于影响全勤的情形，且全勤奖的发放条件包含全月无迟到等要求，那么用人单位有权依据这些规定扣除全勤奖。例如，员工手册中可能明确规定“当月出现任何迟到、早退、旷工情况的，不发放全勤奖”，此时用人单位扣除全勤奖具有明确依据。
   • 约定不明确：若合同等文件对全勤奖的定义、发放条件，特别是迟到与全勤奖的关系没有清晰界定，用人单位则不能随意以迟到为由扣除全勤奖。例如，仅简单提及全勤奖而未说明迟到对其的影响，这种情况下扣除全勤奖缺乏足够依据，员工有权提出质疑。

2. 约定的合理性

   • 即使劳动合同或规章制度中有关于迟到扣全勤奖的规定，该规定也必须合理合法。例如，规定早上9点上班，9点01分就算迟到且扣除全勤奖，这种过于苛刻的规定可能因缺乏合理性而不被法律支持。用人单位在制定规章制度时，应遵循公平合理、诚实信用原则，确保制度的公正性和合理性。

3. 实际操作与人性化考虑

   • 在实际操作中，用人单位应考虑迟到的具体情形。对于偶尔迟到且有合理原因（如突发交通意外、身体不适等）的员工，用人单位可以酌情考虑不扣除全勤奖，体现人性化管理。
   • 对于经常迟到且无正当理由的员工，用人单位扣除全勤奖是合理的，这既是对遵守纪律员工的公平对待，也是维护正常工作秩序的必要措施。

4. 员工权益保护

   • 如果员工认为用人单位扣除全勤奖的做法不合理或不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣奖依据。
   • 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、员工手册、考勤记录等，以证明自己的主张。

总结与建议：

• 迟到打卡是否会扣全勤奖金，取决于劳动合同、员工手册或公司规章制度中的具体约定以及这些约定的合理性。
• 用人单位在制定和执行全勤奖制度时，应确保规定的合理性和合法性，避免滥用扣奖权力。
• 员工在面临扣奖情况时，应积极了解自己的权益并采取相应措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。