迟到是否会扣全勤奖，主要取决于劳动合同、员工手册或其他书面文件中的具体约定，以及这些约定是否合理且符合法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同与规章制度有明确约定：

   • 如果员工与用人单位在劳动合同、员工手册或其他书面文件中明确规定了迟到属于影响全勤的情形，且全勤奖的发放条件包含全月无迟到等要求，那么该约定在不违反法律法规强制性规定的前提下是有效的。例如，员工手册中明确规定“当月出现任何迟到、早退、旷工情况的，不发放全勤奖”，此时用人单位扣除全勤奖具有明确依据。
   • 建议：员工在签署劳动合同时，应仔细阅读相关条款，特别是关于全勤奖的发放条件和扣除规定，确保自己了解并同意这些条款。

2. 合同与规章制度约定不明确：

   • 若合同等文件对全勤奖的定义、发放条件，特别是迟到与全勤奖的关系没有清晰界定，用人单位则不能随意以迟到为由扣除全勤奖。例如，仅简单提及全勤奖而未说明迟到对其的影响，这种情况下扣除全勤奖缺乏足够依据，员工有权提出质疑。
   • 建议：员工在遇到此类情况时，可以与用人单位进行沟通，要求其说明扣奖依据。如果用人单位无法提供合理依据，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

3. 用人单位滥用扣奖权力：

   • 即使存在关于迟到扣全勤奖的规定，用人单位也不能滥用这一权力。例如，故意设置不合理的考勤考核标准，或恶意刁难员工以达到不发全勤奖的目的，这样的行为可能被视为违法。如规定早上9点上班，9点01分就算迟到且扣除全勤奖，这种过于苛刻的规定可能因缺乏合理性而不被法律支持。
   • 建议：员工在认为用人单位滥用扣奖权力时，应收集相关证据，如考勤记录、规章制度等，以便在需要时向劳动监察部门或劳动仲裁机构提供证明。

4. 法律法规的遵循：

   • 法律层面上并未对全勤奖作出强制性要求，它属于用人单位自主管理和薪酬福利分配的范畴。但用人单位在制定和执行全勤奖制度时，必须遵循公平合理、诚实信用原则，确保制度的公正性和合理性。
   • 建议：用人单位在制定相关制度时，应确保其内容的合法性和合理性，并遵循人性化管理的原则。同时，员工也应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段进行维权。

总结：迟到是否扣全勤奖是一个涉及合同约定和法律规定的问题。用人单位在制定相关制度时应确保规定的合理性和合法性，而员工在面临扣奖情况时也应积极了解自己的权益并采取相应措施进行维权。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。