结论：周末加班迟到是否扣全勤，需依据公司规章制度、劳动合同及加班性质综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、公司规章制度层面

1. 规章制度合法性：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。若公司规章制度中明确规定了周末加班迟到扣全勤，且该制度经过合法程序制定并公示，那么公司有权依据此制度扣除全勤。
2. 规章制度合理性：即便规章制度合法，其内容也需合理。若公司规章制度中关于“周末加班迟到扣全勤”的规定过于严苛，如迟到一分钟即扣全勤，可能被视为不合理，劳动者有权提出异议。

二、劳动合同层面

1. 合同约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了周末加班迟到扣全勤的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方应遵守该约定。
2. 合同变更：若劳动合同中未约定周末加班迟到扣全勤，但公司事后通过规章制度或通知等方式增加此条款，劳动者有权拒绝。根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。

三、加班性质层面

1. 自愿加班与强制加班：若周末加班是劳动者自愿的，且公司未强制要求，那么迟到可能被视为违反公司规章制度，公司有权依据规章制度扣除全勤。但若周末加班是公司强制要求的，劳动者因特殊原因迟到，公司应给予一定的宽容和理解，不宜直接扣除全勤。
2. 加班补偿：根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。若公司因劳动者周末加班迟到而扣除全勤，但未支付相应的加班工资或未安排补休，可能涉嫌违法。

建议

1. 查阅公司规章制度和劳动合同：首先，建议你查阅公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于周末加班、迟到及全勤扣除的具体规定。
2. 与公司沟通：若你认为公司的规定不合理或存在违法情形，可以与公司进行沟通，表达你的意见和诉求。
3. 寻求法律帮助：若沟通无果，你可以向我咨询，我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。

总之，周末加班迟到是否扣全勤，需结合公司规章制度、劳动合同及加班性质综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。