加班迟到扣全勤是否合法，需结合具体情况判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
规章制度制定程序：公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。若规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，那么以此为依据扣除全勤奖可能不合法。
劳动合同约定：如果劳动合同或相关文件中明确规定了加班迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。但若劳动合同中无此规定，公司则不能随意扣除全勤奖。
二、法律法规的遵循
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤奖必须有合法依据，即规章制度或劳动合同中的明确规定。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。若规章制度中的扣除全勤奖规定违反了这些强制性规定，那么该规定可能因违法而无效。
三、规章制度的合理性与公平性
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次加班迟到就导致员工工资收入大幅减少。
- 同时，公司应设置合理的加班迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施。这些规定应得到员工的理解和接受，以确保其执行的公平性和合理性。
四、实际操作与灵活性
- 在实际操作中，公司应考虑加班迟到的具体情形。对于偶尔加班迟到且有合理原因（如突发交通意外、工作紧急等）的员工，公司可以酌情考虑不扣除全勤奖，以体现人性化管理。
- 对于经常加班迟到且无正当理由的员工，公司扣除全勤奖是合理的。这既是对遵守纪律员工的公平对待，也是维护正常工作秩序的必要措施。
五、员工权益的保障
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。
- 协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如劳动合同、规章制度、考勤记录等，以证明自己的权益受到了侵害。
建议：
- 公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。
- 劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，以确保双方权益的明确性。
- 公司在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
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