关于“迟到没有全勤是否合法”的问题，结论前置如下：
- 若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，迟到没有全勤通常合法。
- 若公司规章制度不合法或员工不知悉、不同意，迟到没有全勤可能不合法。
详细分析如下：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
- 规章制度制定程序：公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。如果规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，那么其中的相关规定可能无效，公司以此为由扣除全勤奖就可能不合法。
- 劳动合同约定：如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。但需要注意的是，劳动合同中的约定也不能违反法律法规的强制性规定。
二、法律法规的遵循
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤奖必须有合法依据，即规章制度或劳动合同中的明确规定。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。如果规章制度中的相关规定违反了法律法规，那么即使规章制度中有此规定，也可能因违法而无效。
三、规章制度的合理性与公平性
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。
- 同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施，并确保这些规定得到员工的理解和接受。如果规章制度中的规定过于苛刻或不合理，可能会引发员工的不满和纠纷。
四、员工权益的保障
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。在协商过程中，员工可以提出自己的异议和理由，要求公司重新考虑扣除全勤奖的决定。
- 协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁机构会对公司的行为进行调查和裁决，确保员工的权益得到保障。
实践建议：
- 公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。这样可以确保规章制度的合法性和合理性，减少因规章制度问题引发的纠纷。
- 劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，以确保双方权益的明确性。员工在签署劳动合同时，应仔细阅读相关条款，确保自己了解并同意其中的规定。
- 公司在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。同时，员工也应遵守公司的规章制度，共同维护良好的工作秩序。
举例说明：
假设某公司的规章制度中明确规定：“员工当月迟到超过3次，将扣除当月全勤奖。”同时，该规章制度已经过职工代表大会讨论通过并向全体员工公示。如果某员工当月迟到了4次，那么公司按照规章制度扣除其全勤奖就是合法的。但如果该规章制度未经民主程序制定或未向员工公示，或者规章制度中的规定过于苛刻（如迟到一次就扣除全勤奖），那么公司以此为由扣除全勤奖就可能不合法。
最后，如果你对迟到没有全勤是否合法的问题还有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。