结论：缺勤扣工资一般是按基本工资的一定比例来扣，但具体扣除方式可能因劳动合同、公司规章制度以及缺勤的具体情况而有所不同。
一、一般情况下的扣除原则
按基本工资扣除：
- 在多数情况下，缺勤扣工资是按照基本工资的一定比例来计算的。例如，如果月计薪天数为21.75天，员工缺勤1天，则扣除的工资通常为基本工资除以21.75天。
- 基本工资是劳动者正常工作时间内提供正常劳动应得的报酬底线，因此，在缺勤时，扣除基本工资的部分是合理的。
扣除比例与限制：
- 扣除比例通常根据公司的规章制度或劳动合同来确定，但必须确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
- 在特定严重违纪情况下（如连续旷工达到一定天数），且规章制度经过民主程序制定并向劳动者公示告知，可能扣除全部工资中的相应部分（但通常不会扣除全部工资，除非有特别约定且符合法律法规），不过这种情况较少且要求严格。
二、特殊情况下的扣除方式
法定节假日、带薪年假、病假等：
- 在这些情况下，劳动者依法享有相应待遇，即使缺勤也不能扣工资。特别是病假期间，用人单位应按照不低于当地最低工资标准的一定比例支付病假工资。
因用人单位原因导致劳动者缺勤：
- 如停工停产等，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资；超过一个工资支付周期且劳动者未提供正常劳动的，也应按国家有关规定办理，不能随意扣工资。
绩效工资的影响：
- 如果员工的工资构成中包括绩效工资，且出勤情况作为工作表现的一部分，那么缺勤可能会影响绩效工资的发放。公司可根据绩效管理制度，对缺勤员工扣除相应比例的绩效工资。
三、公司规章制度与劳动合同的重要性
- 规章制度：公司应在规章制度或员工手册中明确缺勤扣款的具体方式，包括扣除的比例、计算方法等。
- 劳动合同：劳动合同中的相关条款也应与规章制度保持一致，确保合法合规。劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读相关条款，了解自己的权益和义务。
四、法律建议与争议解决
- 了解公司规定：劳动者应详细了解公司规章制度和劳动合同中关于缺勤扣款的规定，以便在缺勤时能够明确自己的权益。
- 沟通协商：如果对扣款有疑问或不满，劳动者应与人力资源部门沟通协商，寻求合理的解决方案。
- 法律途径：如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
五、示例说明
假设某员工的月基本工资为3000元，月计薪天数为21.75天。如果该员工缺勤1天，那么按照基本工资扣除的方式，应扣除的工资为：3000元 ÷ 21.75天 ≈ 137.93元。如果该员工的工资构成中还包括绩效工资，且公司规定缺勤会影响绩效工资的发放，那么具体扣除的绩效工资数额将根据公司绩效管理制度来确定。
总结：缺勤扣工资的具体方式可能因多种因素而有所不同。劳动者应了解自己的权益和义务，并在必要时采取适当措施维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。