缺勤扣发工资的计算需根据缺勤性质、公司规章制度及劳动合同约定综合判断，具体分为以下几种情况：

1. 合法缺勤（如法定假期、带薪年休假、医疗期等）
   根据《劳动法》《劳动合同法》及地方规定，员工在法定假期、带薪年休假、医疗期等合法缺勤期间，用人单位应全额支付工资，不得扣减。例如：

   • 法定节假日（如春节、国庆）缺勤，工资需按正常出勤发放；
     
   • 员工因病或非因工负伤在医疗期内，用人单位需支付病假工资（通常不低于当地最低工资标准的80%）。

2. 事假缺勤
   事假为无薪假期，用人单位可按实际缺勤天数扣减工资，但需满足以下条件：

   • 公司规章制度或劳动合同中明确约定事假扣薪规则（如“事假1天扣1日工资”）；
     
   • 扣减后工资不得低于当地最低工资标准。
     计算方式：日工资=月工资÷21.75天（月计薪天数），缺勤N天则扣减N×日工资。

3. 旷工缺勤
   旷工属于严重违反劳动纪律的行为，用人单位可按规章制度扣减工资，但需注意：

   • 扣减比例需合理（如“旷工1天扣3日工资”可能被认定为违法，因超出实际损失）；
     
   • 扣减后工资不得低于最低工资标准；
     
   • 规章制度需经民主程序制定并公示（如职工代表大会讨论、员工签字确认）。
     建议：用人单位可按“旷工1天扣1日工资”或“旷工期间无工资”处理，避免过度扣罚引发纠纷。

4. 迟到、早退等部分缺勤
   若公司规章制度规定“迟到30分钟以上视为缺勤0.5天”，并据此扣减工资，需满足：

   • 规章制度合法有效（经民主程序制定、公示）；
     
   • 扣减金额与缺勤时间成合理比例（如扣减0.5日工资对应0.5日缺勤）；
     
   • 扣减后工资不低于最低工资标准。

风险提示：

• 用人单位不得以“缺勤”为由全额扣发工资（如员工月工资5000元，缺勤1天扣5000元属违法）；
  
• 若公司规章制度未明确缺勤扣薪规则，或未履行民主公示程序，扣薪行为可能被认定为违法，员工可要求补发工资或解除劳动合同并主张经济补偿。

建议：

• 用人单位应完善规章制度，明确缺勤类型、扣薪标准及程序，并依法履行公示义务；
  
• 员工若认为扣薪不合理，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询。