关于加班和缺勤的工资计算问题，这主要取决于公司的具体规章制度以及劳动合同中的相关约定，但通常来说，加班工资和缺勤扣款并非简单地都按基本工资或请假工资来计算，而是有各自的一套计算规则。以下是对这一问题的详细分析：
加班工资的计算
基本原则：
- 加班工资的计算通常基于员工的基本工资或正常工作时间工资，但并非直接按基本工资的全额来计算，而是根据加班的时间和类型（如工作日加班、休息日加班、法定节假日加班）来分别计算。
具体计算方式：
- 工作日加班：一般按照不低于劳动合同规定的员工本人小时工资标准的150%支付加班工资。
- 休息日加班：如果安排员工在休息日工作又不能安排补休的，应按照不低于劳动合同规定的员工本人日或小时工资标准的200%支付加班工资。
- 法定节假日加班：应按照不低于劳动合同规定的员工本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
法律依据：
- 加班工资的计算主要依据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定。
缺勤扣款的计算
基本原则：
- 缺勤扣款通常根据员工缺勤的天数、缺勤的类型（如事假、病假、旷工等）以及公司的规章制度来确定。
- 并非所有缺勤都会直接按请假工资来扣款，特别是对于旷工等严重违反公司规章制度的行为，公司可能会采取更严厉的处罚措施。
具体计算方式：
- 事假：一般按照员工请假天数乘以日工资标准来扣款，但具体扣款比例可能因公司而异。
- 病假：病假期间的工资支付标准可能因公司规章制度、地方劳动法规或劳动合同的约定而有所不同，有的公司可能支付全额工资，有的可能支付部分工资，或者按照病假工资标准支付。
- 旷工：旷工通常会被视为严重违反公司规章制度的行为，公司可能会根据规章制度对员工进行罚款、扣减奖金、甚至解除劳动合同等处罚。
注意事项：
- 公司在制定规章制度时，应明确缺勤扣款的计算方式和标准，并确保这些规定符合法律法规的要求。
- 员工在请假时，应了解公司的请假制度和缺勤扣款规定，以便合理安排自己的工作和休息时间。
综合建议
- 对于员工：在入职时，应仔细阅读劳动合同和公司的规章制度，了解加班工资和缺勤扣款的计算方式和标准。如有疑问，应及时向公司人力资源部门或法律顾问咨询。
- 对于公司：在制定规章制度时，应确保加班工资和缺勤扣款的计算方式和标准符合法律法规的要求，并明确告知员工。同时，应建立健全的考勤管理制度，确保员工的出勤情况得到准确记录。
如果您在加班工资或缺勤扣款方面遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。