缺勤工资的扣除，通常是基于应发工资进行计算，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、应发工资与实发工资的区别
应发工资：也称为税前工资，是员工在某一工资支付周期内应获得的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等各项收入，但尚未扣除个人所得税、社会保险费、住房公积金等个人应承担的费用。
实发工资：也称为税后工资，是员工在扣除个人所得税、社会保险费、住房公积金等个人应承担的费用后，实际收到的工资数额。
二、缺勤工资扣除的法律依据与原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权根据规章制度对员工的缺勤行为进行处罚，包括扣除相应的工资。
- 扣除工资的具体数额和方式，通常会在劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定。
扣除原则：
- 缺勤工资的扣除应遵循公平、合理、合法的原则。
- 扣除的数额应与员工的缺勤时间、缺勤原因以及用人单位的规章制度相符合。
三、缺勤工资扣除的具体计算方式
基于应发工资的计算：
- 通常情况下，缺勤工资的扣除是基于应发工资进行计算的。即，根据员工的缺勤时间，按照应发工资的一定比例或固定数额进行扣除。
- 例如，如果员工月应发工资为5000元，缺勤1天，且用人单位规定缺勤1天扣除日工资的20%，则扣除的工资数额为5000元除以当月工作日天数（假设为22天）再乘以20%，即约45.45元。
不基于实发工资的计算：
- 实发工资已经扣除了个人所得税、社会保险费等费用，如果基于实发工资进行扣除，可能会导致扣除的数额与员工的实际缺勤情况不符，也不符合公平、合理的原则。
四、特殊情况下的处理
如果劳动合同或规章制度中有特别规定：
- 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了缺勤工资的扣除方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照该规定执行。
如果缺勤是由于用人单位的原因造成的：
- 如果员工的缺勤是由于用人单位的原因（如设备故障、停工待料等）造成的，那么用人单位通常不应扣除员工的工资。
五、建议与注意事项
用人单位应制定明确的规章制度：
- 用人单位应制定明确的规章制度，规定缺勤工资的扣除方式、比例或固定数额等，以确保扣除的公平性和合理性。
员工应了解自己的权益：
- 员工应了解自己的权益，包括应发工资和实发工资的区别、缺勤工资的扣除方式等，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
发生争议时应及时咨询：
- 如果员工对缺勤工资的扣除有异议，或者用人单位在扣除缺勤工资时存在违法行为，员工应及时向用人单位提出异议，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
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