员工缺勤是否要扣绩效工资，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律框架下的分析
劳动合同与公司制度：
- 首要依据是劳动合同和公司规章制度。若合同中明确约定“缺勤扣除绩效工资”，或公司制度规定“旷工/事假影响绩效奖金”，则企业有权按规则执行。例如，某公司《员工手册》规定：“月度缺勤超3天，当月绩效奖金按50%发放”。但需注意，这些规定必须合法合规，且经过民主程序讨论和告知员工。
劳动法规的规定：
- 劳动法规并未直接规定缺勤是否可以扣绩效工资，但强调了单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资报酬。因此，扣减绩效工资必须遵循合理、公正的原则，并有明确的依据。例如，病假期间工资不得低于当地最低工资标准的80%，企业不得以此为由全额扣减绩效。
二、缺勤性质与绩效工资扣除
合理缺勤：
- 如病假、法定年假等合理缺勤，通常不应扣减绩效工资。因为这些缺勤是员工因特殊原因无法工作，其绩效应基于实际工作成果评估，而非出勤天数。例如，员工因病住院无法工作，其绩效应基于其住院前的工作表现和成果来评估。
不合理缺勤：
- 如无故旷工、未经批准的事假等不合理缺勤，可视为违反纪律，企业有权扣减绩效甚至解除合同。但需确保制度合法且员工已知晓。例如，员工未经批准擅自离岗，导致工作无法正常进行，企业可以根据规章制度扣减其绩效工资。
三、绩效考核标准与绩效工资扣除
- 若绩效指标包含“出勤率”或“工作态度”，缺勤可能影响评分。例如，销售岗位将“客户拜访次数”纳入考核，缺勤导致拜访不足则绩效降低。但若考核指标仅关注结果（如销售额），缺勤本身不直接影响绩效得分。因此，在扣减绩效工资时，需考虑绩效指标与缺勤的关联性。
四、操作建议
完善制度设计：
- 在规章制度中明确缺勤与绩效的关联规则，并通过民主程序公示。例如规定：“事假累计超过5天，季度绩效奖金递减10%”。这样可以让员工清楚了解缺勤对绩效工资的影响。
分类处理缺勤：
- 对合理缺勤保留绩效，对违纪缺勤依规处理。例如员工因突发疾病请假，需提供医院证明后正常核算绩效；无故旷工则按制度扣减奖金。这样可以体现企业的人文关怀和公平性。
强化沟通机制：
- 员工缺勤时及时沟通原因，避免简单扣款引发纠纷。例如主管与员工面谈了解家庭困难，协商调整工作安排。通过沟通，可以增进彼此的理解，减少不必要的矛盾。
五、特殊情况处理
- 即便有规定可扣绩效工资，扣减幅度也应适度，不应严重影响劳动者的基本生活或与缺勤造成的影响明显不成比例。同时，扣除后的工资也不得低于当地最低工资标准。否则，用人单位的做法违法，劳动者有权要求补足差额。
总结来说，员工缺勤时绩效工资的扣除是一个复杂而敏感的问题，需要综合考虑法律法规、工资构成、合理性以及公司实际情况等多个方面。企业在制定和执行相关规定时，应确保遵循法律法规的要求，保障员工的合法权益，同时促进企业的和谐稳定发展。如果您在缺勤扣绩效工资方面遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。