综合工时制下，员工请假的工资计算及工时抵扣规则需根据请假类型、企业规章制度及地方规定综合判断，核心结论如下：

1. 法定年休假/婚丧假/产假等带薪假
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》《劳动法》等规定，员工享受带薪年休假、婚丧假、产假等法定假期时，企业应按劳动合同约定的工资标准支付工资，且该假期不计入综合工时制的周期内总工时。例如，员工月综合工时为168小时（每周40小时×4.2周），若当月请5天带薪年休假（40小时），企业仍需支付全额工资，且当月总工时按128小时（168-40）计算是否超时。

2. 事假
   事假为无薪假期，企业可不支付事假期间工资，且事假时长通常需从综合工时制的周期总工时中扣除。例如，员工当月请2天事假（16小时），若当月综合工时未超标（如实际工作160小时，未超168小时），企业无需支付加班费；但若扣除事假后实际工作184小时（160+16），则超出的16小时需按150%支付加班费。
   注意：企业规章制度可约定事假审批流程及最长时限，但不得违反《劳动合同法》中“不得强迫劳动”的规定。

3. 病假
   病假工资支付需遵循地方规定（如《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》）：

   • 医疗期内，企业需按地方标准支付病假工资（通常为当地最低工资的80%）；
     
   • 病假时长不计入综合工时制的周期总工时，但若员工医疗期满后仍无法返岗，企业可依法解除劳动合同并支付经济补偿。
     示例：员工月综合工时168小时，当月病假10天（80小时），企业支付病假工资后，当月总工时按88小时（168-80）计算是否超时。

4. 工伤假
   根据《工伤保险条例》，员工因工受伤停工留薪期内，企业需按原工资福利待遇支付工资，且停工留薪期时长不计入综合工时制的周期总工时。例如，员工停工留薪期3个月，企业需全额支付3个月工资，且这3个月不纳入综合工时统计。

关键提醒：

• 企业需在规章制度中明确请假流程、工资计算规则，并经民主程序公示；
  
• 综合工时制下，周期内总工时超标部分（如季度总工时超504小时）需按150%支付加班费，法定节假日工作按300%支付；
  
• 地方性法规（如上海、江苏）可能对综合工时制的请假规则有细化规定，需结合当地政策执行。
  

如有具体案例（如请假时长、工资结构等），可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析。