公立医院根据效益发工资是否合法，需分情况讨论：
若公立医院属于事业单位，且工资发放遵循事业单位工资制度：
- 公立医院作为事业单位，其工资制度通常受到《事业单位人事管理条例》等相关法律法规的规范。
- 在事业单位工资制度下，工资的发放往往与员工的岗位、级别、工作年限等因素相关，而非直接与医院的效益挂钩。
- 因此，如果公立医院完全按照事业单位工资制度发放工资，而不考虑医院效益，那么这种做法是合法的。但若公立医院擅自改变工资制度，将工资与效益直接挂钩，可能违反了事业单位工资制度的相关规定，从而构成不合法。
若公立医院实行企业化管理，且工资发放遵循企业工资制度：
- 在某些情况下，公立医院可能实行企业化管理，其工资制度可能更接近于企业工资制度。
- 在企业工资制度下，工资的发放往往与员工的工作表现、企业的经济效益等因素相关。
- 如果公立医院在实行企业化管理的前提下，经过合法程序（如职工代表大会讨论、上级主管部门批准等）制定了与效益挂钩的工资制度，并且该制度不违反国家法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。但需要注意的是，即使实行企业化管理，公立医院仍需遵守国家关于工资支付、最低工资标准等方面的法律法规。
法律建议与风险提示：
- 对于公立医院：在制定或修改工资制度时，应充分考虑国家法律法规的强制性规定，确保工资制度的合法性和合规性。同时，应加强与员工的沟通，确保员工对工资制度的理解和认同。
- 对于员工：如果认为医院的工资制度存在不合法或不合理之处，可以通过合法途径（如与医院协商、向劳动监察部门投诉等）维护自己的合法权益。在维权过程中，应注意保留相关证据，如工资条、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
可能涉及的法律后果：
- 如果公立医院擅自改变工资制度，将工资与效益直接挂钩，且未经过合法程序批准，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
- 如果员工因工资问题与医院发生争议，且争议无法通过协商解决，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
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