医院公休假扣绩效工资不合法。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律规定明确公休假权益

1. 《职工带薪年休假条例》第二条明确规定，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，单位应保证职工享受这一权益，并在年休假期间给予与正常工作期间相同的工资收入。这表明，公休假期间职工的工资待遇，包括绩效工资，不应受到任何削减。
2. 《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条也进一步细化了未休年休假工资报酬的计算方法，强调年休假期间职工应享受与正常工作期间相同的工资收入，这一规定同样适用于绩效工资。

二. 绩效工资的发放原则 绩效工资作为职工工资的一部分，其发放应遵循公平、合理的原则，并与职工的工作表现和业绩紧密相关。公休假是法律赋予职工的休息权利，不能因职工在公休假期间未实际提供劳动而否定其在正常工作期间的表现和业绩，从而扣减绩效工资。

三. 特殊情况的考虑 虽然一般情况下公休假扣绩效工资不合法，但也存在特殊情况。例如，如果医院的绩效工资核算方式严格依据实际工作成果或工作量，且在规章制度中有明确规定并事先告知职工，同时这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么在极少数情况下，公休假期间可能不发放绩效工资。但这种情况需要医院有明确的制度依据，并确保制度的合法性和合理性。

四. 违法后果 如果医院无故克扣职工年休假期间的绩效工资，将违反《中华人民共和国劳动法》的相关规定。劳动行政部门有权责令医院支付被克扣的工资报酬、经济补偿以及赔偿金，以维护职工的合法权益。

综上所述，医院在公休假期间扣减绩效工资是不合法的。医院应当严格遵守相关法律法规，确保职工在公休假期间享受与正常工作期间相同的工资待遇，包括绩效工资。如果职工遇到此类问题，可以依法向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。