公司扣效益工资是否合法，主要取决于劳动合同、公司内部规章制度的具体内容以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

一、不合法的情况

1. 缺乏规章制度依据或劳动合同约定：

   • 如果公司未通过民主程序制定相关规章制度，或者劳动合同中未明确约定公司可以因效益不好扣效益工资，那么公司的扣减行为可能不合法。例如，公司未经员工大会讨论或未与工会协商，直接宣布扣除全体员工效益工资，这种行为就违反了法律规定。

2. 缺乏客观考核依据：

   • 效益工资的发放应与公司的实际效益以及员工的工作表现、业绩等因素相关。如果公司未建立科学合理的效益考核制度，或未对员工进行客观考核，仅以公司效益不好为由扣效益工资，同样不合法。比如，公司无明确效益考核标准和流程，仅口头告知员工因公司效益差要扣效益工资，却无法提供相关证据，这种行为就不符合法律要求。

3. 违反最低工资标准：

   • 在任何情况下，员工的工资都不得低于当地的最低工资标准。如果扣减效益工资后导致员工工资低于该标准，那么公司的扣减行为也是不合法的。

二、合法的情况

1. 有合法有效的规章制度：

   • 如果公司依据合法的民主程序制定了规章制度，并明确规定在公司效益不好的情况下可以扣减效益工资，且已将该制度告知员工，那么公司的扣减行为可能合法。例如，某公司通过职工代表大会讨论并通过了相关规章制度，并在公司内部进行了公示和培训，员工也已知悉。当公司实际出现符合该规定的情况时，按照制度扣效益工资就具有一定的合法性。

2. 劳动合同有相关约定：

   • 如果劳动合同中明确约定了公司在效益不好时有权按照一定方式扣减效益工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定扣效益工资也是合法的。比如，某员工与公司签订的劳动合同中约定，若公司年度销售额未达到预定目标，公司有权降低员工的效益工资。当公司年度销售额未达标时，公司按照合同约定扣减员工效益工资，这种做法就是合法的。

三、员工权益保护

如果公司扣效益工资的行为不合法，员工可以通过以下途径维护自己的合法权益：

1. 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行沟通，要求公司说明扣减效益工资的依据并提供相应证据。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对公司的扣减行为进行调查和处理。

3. 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，员工可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，公司扣效益工资是否合法，需综合考虑劳动合同、公司内部规章制度的具体内容以及相关法律法规的规定。在判断时，应重点关注合同或制度中是否有明确且合法的约定、是否有客观考核依据以及扣减后工资是否低于最低工资标准等关键因素。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。