公司扣绩效工资是否合法，主要取决于绩效考核制度的合法性、明确性，扣除比例的合理性，以及扣除后工资是否低于最低工资标准等多个因素。下面我将从这几个方面为你详细分析：
合法情况
绩效考核制度合法且明确
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了绩效工资的考核标准、发放方式及扣减情形，并且这些规定经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），同时已向员工公示或告知，那么公司在员工绩效不达标时扣减绩效工资通常是合法的。例如，公司规定员工每月需完成一定销售额，未完成则按比例扣减绩效工资，且这一规定在劳动合同或规章制度中有明确体现，且已告知员工，那么这种扣减就是合法的。
- 考核指标应具体、程序合法。绩效考核制度内容应具体、清晰，考核程序应公正、合理，避免主观随意性大或模糊不清的指标。比如，考核指标应量化或可衡量，不能仅凭主观评价来扣减绩效工资。
经济损失赔偿合法
- 当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可按照劳动合同约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，员工因疏忽导致公司货物损坏，公司要求员工赔偿，但每月扣除的赔偿金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不得低于最低工资标准。
不合法情况
绩效考核制度不合法或不明确
- 如果绩效考核制度本身不合法，未经过民主程序制定，或考核标准模糊不清、随意变更，或未提前向员工公示告知，那么以绩效考核为由扣除工资是违法的。比如，公司突然更改考核标准，且未告知员工，就以新标准扣减员工绩效工资，这是不合法的。
无正当理由随意扣减
- 公司无正当理由随意扣减员工的绩效工资，或以绩效之名行克扣工资之实（如为惩罚员工、强迫离职等恶意扣减），均属违法行为。例如，公司因员工未参加非工作时间的聚会而扣减其绩效工资，这是没有正当理由的随意扣减，是违法的。
扣除后工资低于最低工资标准
- 即使绩效考核制度合法，但如果扣除绩效工资后员工的实际工资低于当地最低工资标准，这种扣除也是违法的。最低工资标准是保障员工基本生活的法定底线，公司不得违反。
员工权益维护途径
与用人单位协商解决：员工首先应与用人单位沟通协商，了解扣减绩效工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。这是最直接、最有效的解决方式。
向劳动行政部门投诉：若协商无果，员工可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。劳动行政部门会依法进行调查处理，维护员工的合法权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如问题仍无法解决，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身合法权益。
总结来说，公司扣绩效工资是否合法需综合考虑多个因素。员工在面临此类问题时，应充分了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求我的法律帮助以确保自身权益不受侵害。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。