企业与员工对劳动关系无争议的情况下办理社保补缴，一般不需要经过劳动仲裁程序。以下是具体分析：

1. 无争议情况下的直接补缴
   若企业与员工对劳动关系存续期间、工资基数等关键事实均无异议，仅需补缴社保的，双方可直接向社保经办机构申请办理补缴手续。此时无需通过劳动仲裁确认劳动关系或争议事实，社保部门会根据双方提交的材料（如劳动合同、工资记录等）直接核算补缴金额并办理。

2. 需仲裁的例外情形
   若企业对补缴责任存在异议（例如否认劳动关系、质疑工资基数真实性等），或员工无法提供劳动关系证明材料（如未签劳动合同且企业拒不承认），则需先通过劳动仲裁确认劳动关系或争议事实。仲裁裁决生效后，再凭裁决书向社保部门申请补缴。

实务建议：

• 双方可先协商签署《社保补缴协议》，明确补缴期间、基数及责任分担，并附上工资条、考勤记录等证明材料，以提高社保部门受理效率。
  
• 若企业拒不配合，员工可单方向社保部门投诉，社保部门有权责令企业补缴；若企业仍不履行，员工可申请法院强制执行。
  

如有进一步疑问（如补缴流程、证据准备等），可直接向我咨询。