结论：取消劳动合同（即解除劳动合同）时，加班工资是否算入经济补偿的计算基数，需根据具体情况判断，一般情况下加班工资应计入经济补偿基数，但存在例外情形。以下从法律背景、计算方式、例外情形三个角度详细说明：
一、法律背景：加班工资属于工资总额组成部分，原则上应计入经济补偿基数
根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴补贴、加班加点工资等。而《劳动合同法》第四十七条规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以“月工资”为基数计算，其中“月工资”指劳动合同解除前12个月的平均工资。
关键点：若加班工资属于劳动者正常工作期间的固定收入（如每月固定加班20小时），则应计入经济补偿基数；若加班工资属于偶然性收入（如临时突击加班），则可能不计入。
二、计算方式：经济补偿基数的具体计算规则
计算公式：
经济补偿 = 工作年限 × 月工资
月工资 = 劳动合同解除前12个月工资总额（含加班工资）÷ 12
（若月工资高于当地社平工资3倍，则按社平工资3倍计算）
举例说明：
劳动者月基本工资5000元，每月固定加班工资2000元，工作3年解除合同。
月工资 = (5000+2000)×12÷12 = 7000元
经济补偿 = 3×7000 = 21000元
三、例外情形：加班工资可能不计入经济补偿基数的3种情况
劳动者主动离职：
若劳动者因个人原因（如辞职、跳槽）主动解除合同，用人单位无需支付经济补偿，自然无需计算加班工资。
劳动者严重违纪被辞退：
根据《劳动合同法》第三十九条，若劳动者因严重违反规章制度、被追究刑事责任等被用人单位合法辞退，用人单位无需支付经济补偿，加班工资也不涉及。
加班工资属于“非正常收入”：
若加班工资属于临时性、偶然性收入（如项目突击加班、节假日临时加班），且劳动者无法证明该加班具有持续性，法院可能不支持将其计入经济补偿基数。
四、法律建议：劳动者如何维护权益？
保留证据：
保存工资条、考勤记录、加班审批单等证据，证明加班工资属于固定收入。
协商优先：
与用人单位协商经济补偿计算方式，明确加班工资是否计入。
申请仲裁：
若协商无果，可向劳动仲裁委申请仲裁，主张加班工资应计入经济补偿基数。
温馨提示：经济补偿计算涉及工资结构、离职原因等多重因素，建议根据具体情况进一步分析。若有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解答。