结论前置：劳动合同中约定加班费按基本工资算，通常情况下是不合法的。加班费的计算基数应遵循劳动合同约定优先、实际工资原则，且不得低于当地最低工资标准。

法律依据与详细分析

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能补休、以及法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间工资的工资报酬，具体标准分别为不低于工资的150%、200%和300%。这一规定明确了加班费的支付标准和计算方式，旨在保障劳动者的合法权益。

关于加班费的计算基数，应遵循以下原则：

1. 劳动合同优先原则：

   • 如果劳动合同中明确约定了工资数额，那么加班费应以该约定的工资作为计算基数。这里的“工资”应理解为劳动者正常工作时间内应得的全部工资，包括基本工资、岗位工资、职务工资等固定收入，而不仅仅是基本工资。
   • 若劳动合同中的工资项目细分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应将各项工资的总和作为加班费的计算基数，而非仅以“基本工资”为准。

2. 实际工资原则：

   • 在劳动合同未明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以劳动者的实际工资作为加班费的计算基数。这里的实际工资包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等（但不含加班费、伙食补助和劳动保护补贴）。

3. 最低工资标准保障原则：

   • 无论采用何种方式确定加班费的计算基数，该基数均不得低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者工资权益的最低保障，确保劳动者在加班时能够获得应有的报酬。

加班费的具体计算方式

加班费的具体计算方式基于劳动者的实际工资收入和加班时间，具体如下：

1. 工作日加班：

   • 加班工资 = 月工资（含基本工资、绩效工资、津贴等）÷21.75÷8×加班小时数×1.5倍

2. 休息日加班：

   • 加班工资 = 月工资（同上）÷21.75÷8×加班小时数×2倍
   • 若不能安排补休，则按此标准支付加班费。

3. 法定休假日加班：

   • 加班工资 = 月工资（同上）÷21.75÷8×加班小时数×3倍

特殊情况说明

• 如果劳动合同中明确约定加班费计算基数为基本工资，且该约定不低于当地最低工资标准，同时劳动者在签订合同时对此无异议，那么在这种情况下，按基本工资计算加班费可能是合法有效的。但在实际操作中，这种情况较为罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。
• 如果用人单位仅以基本工资作为衡量加班工资的标准，而未考虑其他货币性收入，如绩效工资、奖金、津贴等，那么其行为通常是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费。

劳动者权益保护建议

• 保留证据：劳动者应保留好相关证据，如加班记录、工资单、劳动合同等，以证明自己的加班事实和工资构成。
• 协商解决：如遇用人单位计算加班费方式不合法的情况，劳动者可先与用人单位协商解决，要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费。
• 投诉与仲裁：协商不成的情况下，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，劳动合同中约定加班费按基本工资算，在大多数情况下是不合法的。用人单位应当严格按照劳动法规定，以劳动者正常劳动应得的全部工资为基准，合理计算并支付加班费。劳动者在遇到此类问题时，应积极维护自己的合法权益，必要时可寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。