在工伤认定有第三方责任的情况下，医药费的承担主体需根据具体情况来确定，以下是详细分析：
工伤保险基金支付的情况
- 前提条件：职工已参加工伤保险，且治疗工伤所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准。
- 法律依据：根据《工伤保险条例》第三十条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。治疗工伤所需费用符合上述目录和标准的，从工伤保险基金支付。
- 实例说明：如某工厂职工小李在工作时被第三方造成的物体砸伤，经工伤认定后，在指定医院接受的治疗和使用的药品均在工伤保险相关目录范围内，那么这些医药费用将由工伤保险基金支付。
用人单位支付的情况
- 未参保情形：若单位未为职工办理工伤保险，所有工伤医疗费用由单位承担。
- 超出报销范围：超出工伤保险目录的费用（如进口器材、特殊药物），若未经工伤保险基金同意，通常需单位同意后由其支付。但需注意，若因第三方责任导致工伤，且第三方已支付相关费用，则可能不再由单位或工伤保险基金重复支付。
- 未及时申报责任：若用人单位未在规定时限内提交工伤认定申请，导致此期间发生的符合规定的工伤待遇等费用，将由该用人单位负担。
- 实例说明：如职工小王在2023年5月发生工伤，但单位延迟至8月才提交工伤认定申请，且该工伤由第三方造成，那么在此延迟期间小王因工伤治疗产生的医药费用，若第三方未支付，则需由用人单位承担。
第三方责任的情况
- 追偿权：若工伤是由第三人侵权造成的，职工可依法向第三人主张民事赔偿。在此情况下，医疗费可能先由第三人支付。若工伤保险基金已先行支付医疗费用，则有权向第三人追偿。
- 不可重复报销：医疗费用通常不可重复报销。即，若职工已从第三方处获得医疗费用赔偿，则不能再从工伤保险基金或用人单位处获得相同费用的赔偿。
- 实例说明：如职工老张在工地施工时被第三方的车辆撞伤，经工伤认定后，若老张已从第三方处获得医疗费用赔偿，则不能再要求工伤保险基金或用人单位支付相同的医疗费用。
建议与注意事项：
- 及时申请工伤认定：一旦发生工伤事故，职工或用人单位应尽快进行工伤认定，以确保自身权益得到保障。
- 保留相关证据：在处理工伤事故时，应保留好所有与事故相关的证据，如医疗记录、费用清单、事故现场照片等，以便在需要时提供证明。
- 了解自身权益：职工应了解自己的工伤保险权益，包括医疗费用报销、伤残补助、停工留薪期待遇等，以便在需要时维护自己的合法权益。
- 咨询专业律师：若在处理工伤事故过程中遇到复杂问题或争议，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议和帮助。不过，作为孔英律师，我可以直接为你提供这方面的法律咨询，你有问题可以直接向我咨询。
综上所述，工伤认定有第三方责任时，医药费的承担主体需根据具体情况来确定。职工应了解自己的权益和报销流程，并在需要时寻求专业律师的帮助。