结论：仅持有仲裁裁决书而公司未盖章的情况下，能否申领一次性医疗补助金需分情况讨论，关键取决于仲裁裁决书的法律效力及当地社保部门的具体要求。

1. 仲裁裁决书的法律效力
   根据《劳动争议调解仲裁法》第四十七条，劳动仲裁裁决书自作出之日起即发生法律效力（一裁终局情形）或需等待15日起诉期届满后生效（非终局裁决）。只要裁决书已生效，即使公司未主动履行或盖章确认，其内容仍具有强制执行力。此时，裁决书本身可作为证明劳动关系终止及工伤待遇支付义务的法定依据，无需公司额外盖章。

2. 社保部门对材料的要求
   实践中，申领一次性医疗补助金需向社保部门提交材料，通常包括：

   • 工伤认定决定书
     
   • 劳动能力鉴定结论书
     
   • 终止/解除劳动关系证明
     
   • 仲裁裁决书（或调解书、判决书）
     若社保部门明确要求“公司盖章的解除证明”，而仲裁裁决书已载明劳动关系终止事实及公司支付义务，可尝试以裁决书替代。但若部门坚持要求公司盖章文件，则需通过以下途径解决：
     
   • 向法院申请强制执行裁决书，由法院出具执行文书作为替代证明；
     
   • 联系劳动监察大队协助督促公司出具证明；
     
   • 在仲裁裁决书基础上，补充其他证据（如离职交接单、工资结算单等）佐证劳动关系终止。

3. 特殊情形处理建议

   • 公司拒不配合：若公司拒不履行裁决义务，可凭生效裁决书直接向法院申请强制执行，法院会向社保部门发送协助执行通知书，绕过公司盖章环节。
     
   • 材料缺失争议：若社保部门以“材料不全”为由拒收，可要求其出具书面说明，并依据《社会保险法》第八十三条向当地人社局申诉或提起行政诉讼。
     
   • 地方政策差异：部分地区可能要求同时提交裁决书和公司盖章的《工伤保险待遇申领表》，建议提前拨打12333咨询当地政策，或通过政府官网查询具体要求。

行动建议：

1. 携带生效仲裁裁决书、工伤认定书、鉴定结论书等材料，直接前往社保窗口提交申请，说明公司未盖章情况并询问替代方案；
   
2. 若被拒，要求工作人员出具书面《补正材料通知书》，明确需补充的具体文件；
   
3. 根据通知书内容，通过法律途径（如强制执行、劳动监察）或协商方式获取所需材料。
   

如有进一步细节（如裁决书是否已生效、当地具体政策等），可随时补充说明，我会为您细化分析。