关于“迟到扣年假是否合法”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。

首先，我们要明确的是，带薪年休假是劳动者的一项法定权利，旨在保障劳动者的休息权和身心健康，调动员工工作积极性。而单位统筹安排职工年休假则是其法定义务，这通常需要考虑生产、工作的具体情况以及职工本人的意愿。

现在，我们针对“迟到扣年假”这一具体行为进行分析：

1. 非因劳动者原因导致的迟到：

   • 如遇到极端天气（如暴雨、大雪等）导致交通受阻，劳动者因此迟到。在这种情况下，如果政府部门没有统一通知停工停产，且迟到并非劳动者自身原因造成，那么用人单位直接扣除年假或工资可能并不合法。因为此时劳动者并未违反劳动合同或单位规章制度中的故意迟到条款。
   • 劳动者在遇到此类情况时，应及时与用人单位沟通，说明情况，并尝试协商解决方案，如居家办公或使用其他调休方式。

2. 因劳动者原因导致的迟到：

   • 如果迟到是由于劳动者自身原因（如睡过头、忘记时间等）造成的，那么用人单位根据内部规章制度对劳动者进行相应的处理（如扣发工资、使用年假抵扣等）可能是合法的。但前提是这些规章制度必须合法、合理，并且已经向劳动者进行了公示或告知。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果暴雨等极端天气已经达到威胁生命安全的程度，构成不可抗力，那么用人单位不能因劳动者迟到而扣发工资或用年假抵扣。此时，劳动者有权拒绝到岗工作，且无需承担任何责任。

4. 法律法规的遵循：

   • 用人单位在处理迟到问题时，必须严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》、《工资支付暂行规定》以及《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。任何违反法律法规的行为都可能面临法律责任。

综上所述，迟到扣年假是否合法取决于迟到的原因、用人单位的规章制度以及相关法律法规的规定。因此，建议劳动者在遇到此类问题时，首先与用人单位进行沟通协商，了解单位的规章制度和具体处理方式；如果无法协商一致，可以寻求劳动仲裁或法律诉讼等途径来维护自己的合法权益。同时，用人单位也应加强内部管理，完善规章制度，确保在处理迟到等问题时既合法又合理。