结论前置：迟到扣工资是否合法，主要取决于企业规章制度的制定程序是否合法、扣工资额度是否合理，以及是否存在特殊情况等因素。以下是对这一问题的详细分析：
一、规章制度合法有效是前提
制定程序合法：企业规章制度，包括迟到扣工资的规定，必须通过民主程序制定，即经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保规章制度合法性的重要步骤。
内容合法合理：规章制度中的内容必须合法合理，不能违反法律法规的强制性规定，也不能明显超出合理范围。例如，扣罚的金额不能过高，不能使得员工的工资低于当地最低工资标准。
公示或告知员工：规章制度制定后，应向员工公示或告知，如通过公司公告栏张贴、员工手册发放并要求签字确认等方式，确保员工知晓并同意相关规定。若规章制度未经公示或告知，则对员工不具有法律约束力。
二、扣工资额度需合理
扣罚比例限制：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可从劳动者工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定同样适用于迟到扣工资的情况。
避免过度处罚：扣罚的金额应合理，不能过高，且应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。若扣罚金额过高，导致员工工资低于最低工资标准，这样的扣工资行为是不合法的。
三、特殊情况需考虑
合理免责事由：若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、突发疾病等，用人单位应考虑实际情况，避免盲目扣工资。在这种情况下，扣工资可能被视为不合法行为。
无故迟到处理：对于无故迟到的情况，企业在合理范围内扣工资是合法的。但企业应确保扣工资的规定明确、合理，并遵循公平、公正的原则执行。
四、劳动者权益保护
若劳动者认为企业的迟到扣工资行为不合法或不合理，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其按照法律规定和合同约定支付工资。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，劳动者还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼，请求裁决并拿回自己应得的劳动报酬。
举例说明：假设某企业规定，员工每月迟到累计超过3次，每次扣除当月工资的5%。若某员工某月迟到4次，且每次迟到均非因不可抗力等合理原因，那么企业按照规章制度扣除其当月工资的20%（即4次×5%）是合法的。但若扣除后的工资低于当地最低工资标准，则企业需按最低工资标准支付。
总结建议：企业在制定和执行迟到扣工资的规章制度时，应确保规章制度的合法性与合理性，并在扣工资时充分考虑员工的合法权益与实际情况。劳动者在认为权益受损时，也应依法采取相应措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。