结论：过年迟到扣三薪是否合法，需根据具体情况判断，若用人单位规章制度明确规定迟到扣三薪且该制度合法有效，同时迟到行为确实违反了规章制度，则扣三薪可能合法；反之，则不合法。以下从不同角度详细分析：
一、规章制度合法性角度
规章制度需合法制定：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若用人单位的规章制度未经上述程序制定，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，则该规章制度不合法，不能作为扣三薪的依据。
规章制度需公示或告知劳动者：
- 规章制度制定后，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若用人单位未公示或告知劳动者规章制度，则劳动者有权主张该规章制度对其不产生约束力，扣三薪的行为可能不合法。
二、迟到行为与扣三薪的关联性角度
迟到行为需明确违反规章制度：
- 规章制度中应明确规定迟到行为的具体情形及相应的处罚措施。
- 若规章制度中未规定迟到扣三薪，或者规定的处罚措施与迟到行为不匹配，则用人单位扣三薪的行为可能不合法。
扣三薪需合理且适度：
- 即使规章制度中规定了迟到扣三薪，该处罚措施也应合理且适度，不能过分苛刻或显失公平。
- 若扣三薪的金额过高，或者对劳动者的生活造成严重影响，则该处罚措施可能被认定为不合法。
三、特殊情形下的考虑
法定节假日加班工资：
- 过年期间，若劳动者在法定节假日加班，用人单位应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。
- 若劳动者在法定节假日迟到，用人单位扣三薪的行为可能涉及侵犯劳动者的法定节假日加班工资权益，此时扣三薪的行为不合法。
劳动者过错程度：
- 在判断扣三薪是否合法时，还需考虑劳动者的过错程度。若劳动者因不可抗力或意外事件导致迟到，且已及时通知用人单位并说明情况，则用人单位扣三薪的行为可能不合法。
法律建议
- 对于劳动者：若认为用人单位扣三薪的行为不合法，可先与用人单位协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应制定合法有效的规章制度，并明确规定迟到等违纪行为的处罚措施；在执行规章制度时，应确保处罚措施合理且适度，避免侵犯劳动者的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。