结论：员工自动离职后公司回复尊重个人意愿，但后续公司不同意员工回去上班，这种情况一般不算开除，但具体还需结合实际情况判断。
分析说明：
自动离职的法律性质：
- 自动离职通常指的是员工在没有与公司达成一致的情况下，单方面决定终止劳动关系。这种行为在法律上并不直接等同于公司开除员工。
- 自动离职后，员工与公司之间的劳动关系实际上已经处于一种不确定状态，需要双方进一步明确或通过法律程序来确认劳动关系的终止。
公司回复“尊重个人意愿”的含义：
- 公司回复“尊重个人意愿”可能意味着公司对员工自动离职的行为表示理解，但并不意味着公司已经同意或确认了劳动关系的终止。
- 这种回复更多是一种礼貌性的表达，并不构成对员工离职的正式确认或接受。
公司不同意员工回去上班的法律后果：
- 如果公司不同意员工回去上班，这并不意味着公司已经开除了员工。公司可能只是基于当前的工作需求、人员配置或其他考虑因素，决定不接受员工的回归。
- 在这种情况下，员工与公司之间的劳动关系仍然处于不确定状态。如果员工希望继续在公司工作，可以与公司进行协商，寻求解决方案。
- 如果双方无法达成一致，员工可能需要通过法律程序（如劳动仲裁）来确认劳动关系的状态，并寻求相应的法律救济。
开除的法律定义与后果：
- 开除是指公司因员工违反公司规定、法律法规或劳动合同等，而单方面决定终止与员工的劳动关系。
- 开除通常需要公司出具正式的书面通知，并明确说明开除的原因和依据。
- 如果公司确实开除了员工，员工有权要求公司支付相应的经济补偿（如工资、奖金、福利等），并可能享有其他法律权益（如失业保险、再就业服务等）。
特殊场景：
- 如果员工自动离职后，公司明确表示同意员工离职，并出具了书面离职证明或相关文件，那么在这种情况下，可以认为双方已经就劳动关系的终止达成了一致。后续公司再不同意员工回去上班，就不涉及开除的问题了。
- 如果员工自动离职后，公司没有明确表示同意或不同意，但后续通过实际行动（如停止支付工资、取消社保等）表明了与员工终止劳动关系的意愿，那么在这种情况下，员工也可以通过法律程序来确认劳动关系的状态。
行动建议：
- 对于员工：如果希望继续在公司工作，建议与公司进行积极沟通，寻求解决方案；如果认为公司行为侵犯了自己的合法权益，可以考虑通过法律程序来维护自己的权益。
- 对于公司：在处理员工自动离职的问题时，建议明确表达公司的立场和意愿，并出具相应的书面文件；如果需要开除员工，请确保符合法律法规和劳动合同的规定，并支付相应的经济补偿。
如果有任何进一步的法律疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。