结论：员工休息打卡但没上班，公司若已将工资算给他，想要回这部分工资是否违规，需分情况讨论。一般来说，如果员工确实未提供劳动且不存在合法理由，公司有权要求返还多支付的工资，这不违规；但如果公司处理方式不当或存在其他特殊情况，则可能涉及违规。
分析：
从工资支付的本质来看：
- 工资是员工因提供劳动而获得的报酬。如果员工没有实际提供劳动，且没有合法理由（如病假、事假且已获批准等），那么公司支付工资就缺乏合法依据。
- 在这种情况下，公司发现后要求员工返还多支付的工资，是合理的，也不违反法律法规。这类似于公司发现多支付了员工某笔费用后，有权要求员工返还。
从公司处理方式的角度来看：
- 如果公司想要回这部分工资，应当通过合法、合规的途径进行。例如，可以与员工协商，要求其返还；或者如果员工拒绝，公司可以通过法律途径（如提起民事诉讼）来追讨。
- 如果公司采取非法手段（如威胁、恐吓、扣发其他合法工资等）来要求员工返还工资，那么这种行为就是违规的，甚至可能构成违法。
从特殊情况的角度来看：
- 如果员工虽然打卡但未上班，是由于公司的原因（如公司安排员工休息但未明确告知、公司系统故障导致打卡记录异常等），那么公司要求员工返还工资就可能缺乏合理性。
- 另外，如果员工未上班是由于不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）导致，且员工已及时通知公司并提供了相关证明，那么公司也应考虑员工的实际情况，合理处理工资问题。
建议：
- 对于公司而言，如果发现员工休息打卡但未上班且已支付工资，应首先与员工进行沟通，了解具体情况。如果确认员工确实未提供劳动且没有合法理由，可以要求员工返还多支付的工资，但应通过合法、合规的途径进行。
- 对于员工而言，如果公司要求返还工资，应积极配合公司进行沟通，说明自己未上班的原因。如果认为自己不应返还工资，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司合法、合规地要求员工返还工资，且员工拒绝返还，公司可以通过法律途径追讨。在法律程序中，如果法院认定员工确实应返还工资，员工将需要承担返还责任，并可能承担诉讼费用等额外成本。
- 如果公司采取非法手段要求员工返还工资，员工可以向相关部门投诉或提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。