结论：公司未取得不定时工作制许可却与员工签署不定时工作制合同，可能面临行政责任、民事赔偿责任，并且在劳动仲裁或诉讼中可能承担不利后果。以下是对这些责任的详细分析：
行政责任：
- 根据相关劳动法律法规，企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制，需要经过劳动行政部门的审批。若公司未取得不定时工作制的许可，却擅自与员工签署此类合同，这违反了劳动行政管理的规定。
- 劳动行政部门有权对此类违法行为进行查处，包括责令改正、罚款等行政处罚措施。具体罚款数额会根据违法情节的严重程度以及当地的相关规定来确定。
民事赔偿责任：
- 如果因为公司未取得不定时工作制许可，导致员工在加班、休息休假等方面权益受损，员工有权要求公司承担相应的民事赔偿责任。
- 例如，若员工因公司安排的不定时工作制而长时间工作，且未获得相应的加班费或调休，员工可以要求公司支付加班费或安排调休，并可能要求公司支付因未支付加班费而产生的额外赔偿。
劳动仲裁或诉讼中的不利后果：
- 在劳动仲裁或诉讼过程中，如果公司无法提供有效的不定时工作制许可证明，而员工又主张公司违法实行不定时工作制，那么公司可能面临败诉的风险。
- 仲裁机构或法院在审理此类案件时，会重点审查公司是否取得了不定时工作制的许可，以及合同中关于不定时工作制的约定是否合法有效。若公司无法提供充分证据证明其合法性，则可能承担不利后果。
建议：
- 对于公司而言，应严格遵守劳动法律法规，确保在实行不定时工作制前取得相应的许可，并与员工签订合法有效的劳动合同。
- 对于员工而言，如果发现公司未取得不定时工作制许可却擅自实行此类工作制，可以向劳动行政部门投诉或举报，以维护自己的合法权益。同时，在劳动仲裁或诉讼过程中，应积极提供证据证明公司的违法行为，以便获得相应的赔偿或补偿。
额外思考：
- 在实际操作中，不定时工作制的实行往往与特定行业或岗位的特点密切相关。因此，公司在申请不定时工作制许可时，应充分考虑岗位的实际需求和工作特点，确保许可的合理性和有效性。
- 员工在签署劳动合同时，也应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时间和休息休假的约定，确保自己的权益得到充分保障。
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