店长想辞职但区域经理不同意，这并不影响辞职的合法性，店长依然有权依法辞职。以下是从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这是法律赋予劳动者的权利，不需要用人单位的同意。因此，店长只需按照法律规定，提前三十日以书面形式向公司（或区域经理作为公司代表）提交辞职通知，到期后即可离职。

实际操作角度

1. 书面通知：店长应当准备一份书面的辞职通知，明确表达辞职的意愿，并注明预计离职的日期。这份通知应当一式两份，一份交给公司（或区域经理），一份自己留存作为证据。

2. 保留证据：在提交辞职通知时，店长应当要求区域经理或公司相关人员签收，或者通过电子邮件、快递等方式发送，并保留好相关的签收记录或快递单据，以证明自己已经按照法律规定提前通知了公司。

3. 工作交接：在离职前，店长应当与公司做好工作交接，确保公司的业务不受影响。这既是店长的职业道德体现，也是避免后续纠纷的重要措施。

特殊情况处理

1. 如果公司拒绝接收辞职通知：店长可以通过电子邮件、快递等方式发送辞职通知，并保留好相关的证据。如果公司仍然拒绝接收或不予回应，店长可以在到期后直接离职，并保留好辞职通知的副本作为证据。

2. 如果公司以未交接工作为由拒绝办理离职手续：店长可以与公司协商，尽量在离职前完成工作交接。如果公司无理拒绝办理离职手续，店长可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

后续建议

1. 保持冷静和理性：在辞职过程中，店长应当保持冷静和理性，避免与公司发生不必要的冲突和纠纷。

2. 咨询专业意见：如果店长在辞职过程中遇到任何法律问题或困惑，可以随时向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。

总之，店长想辞职但区域经理不同意并不影响辞职的合法性。店长只需按照法律规定提前通知公司，并做好工作交接等后续工作即可。如果有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。