结论：员工违反厂规，但公司在员工生病期间让员工按自动离职处理，这种做法通常是不合法的。不过，也存在一些特殊情况需要具体分析。以下是对此问题的详细分析：
一、员工生病期间的法律保护
医疗期规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据实际参加工作年限和在本单位工作年限，可享有三个月到二十四个月的医疗期。
- 在医疗期内，公司不得随意解除劳动合同，这是对员工因病不能工作期间的特殊保护。
劳动合同法保护：
- 《劳动合同法》第四十二条明确规定，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的，用人单位不得依照该法第四十条（无过失性辞退）、第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。
二、员工违反厂规与自动离职的关系
一般原则：
- 员工违反厂规，公司通常有权依据规章制度进行相应处理，如警告、罚款、降职等。
- 但是，在员工生病且处于医疗期内时，公司不得因其违反厂规而直接要求其按自动离职处理。
特殊情况：
- 如果员工违反的厂规涉及严重违法或犯罪行为（如盗窃、故意伤害等），且该行为与生病无关，公司可能有权依据法律法规和规章制度解除劳动合同。但这种情况较为特殊，且需要严格符合法律规定的条件和程序。
- 另外，如果员工生病是因严重违反公司规章制度（如故意从事危险行为导致受伤），且该行为违反了公司安全操作规程等，公司虽不能直接按自动离职处理，但可依据相关规定进行其他处理，甚至在符合法定条件时解除劳动合同。不过，这同样需要严格遵循法律程序和规定。
三、员工应采取的措施
明确法律权益：
- 员工应了解自己在医疗期内的法律权益，包括不得被随意解除劳动合同等。
与公司沟通：
- 如果公司要求员工在生病期间按自动离职处理，员工应明确表达自己处于生病治疗阶段，且正处于法律规定的医疗期内，公司要求离职的做法不符合法律规定。
- 提供医院的诊断证明、病历、病假条等能证明自己生病及需要治疗休息的材料，并告知公司医疗期时长及预计恢复工作时间。沟通时最好通过书面形式（如邮件），以便留存相关证据。
寻求法律途径维护权益：
- 如果公司坚持要求离职，员工应保存所有相关的书面或电子证据，包括劳动合同、工资条、工作证、医院诊断证明、与公司沟通的记录等。
- 可向当地劳动监察部门投诉，详细说明公司要求离职的不合理情况。劳动监察部门会对此进行调查核实，并依法对公司的违法行为进行处理。
- 若劳动监察部门的介入未能解决问题，员工可在规定时间内（劳动争议申请仲裁的时效期间为一年）向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，要求公司承担法律责任。
四、关注身体健康
- 在整个维权过程中，员工应始终关注自己的身体健康。确保有足够的时间休息和治疗，以便尽快恢复健康并重新投入工作。
总结与建议：公司在员工生病期间要求其按自动离职处理通常是不合法的。员工应明确自己的法律权益，采取与公司沟通、收集证据、寻求法律途径等措施来维护自身权益。同时，也要关注自己的身体健康，确保有足够的时间进行休息和治疗。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。