针对您提出的“公司撤店孕妇员工怎么赔偿”的问题，这确实是一个涉及法律保护和员工权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与基本原则
首先，我们需要明确的是，孕妇员工在孕期、产期、哺乳期内享有特殊的法律保护。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在这些特殊时期内不得随意解除劳动合同。如果确实因公司撤店等客观情况发生重大变化，导致劳动合同无法履行，且双方未能就变更劳动合同内容达成协议，用人单位可以依法解除劳动合同，但必须支付相应的经济补偿金。
二、赔偿方案与计算方式
继续履行合同或协商调岗：
- 在公司撤店的情况下，如果总公司或其他关联企业能够继续履行原劳动合同，应优先安排孕妇员工到新的工作岗位，以确保其工作的连续性和稳定性。
- 如果双方协商一致，也可以对劳动合同内容进行变更，如调整工作地点、岗位等，以适应新的工作环境和需求。
支付经济补偿金：
- 如果确实无法继续履行劳动合同，且双方未能就变更劳动合同内容达成协议，用人单位应依法支付经济补偿金。
- 经济补偿金的计算标准按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
额外补偿（如适用）：
- 根据具体情况，用人单位可能还需要支付额外的补偿，如未提前通知解除劳动合同的代通知金（通常为一个月工资）。
- 如果用人单位违法解除劳动合同，还应按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金，以弥补其因违法解除而遭受的损失。
三、对孕妇的特殊保护与注意事项
三期女职工的特殊保护：
- 孕妇员工作为“三期”（孕期、产期、哺乳期）女职工，享有特殊的法律保护。用人单位在处理此类问题时需特别谨慎，确保不违反相关法律法规，如不得降低其基本工资、不得随意解除劳动合同等。
协商与沟通：
- 用人单位应与孕妇员工进行充分的协商与沟通，了解其需求和意愿，尽量达成双方都能接受的解决方案。这有助于维护良好的劳动关系，减少不必要的纠纷和冲突。
保留证据与记录：
- 用人单位在处理此类问题时应保留好相关证据和记录，如劳动合同、工资单、解除劳动合同通知书等。这些证据和记录在后续可能出现的法律纠纷中具有重要的证明作用。
四、实际操作建议
咨询专业律师或法务：
- 在处理孕妇员工的赔偿问题时，建议用人单位咨询专业律师或法务，以确保赔偿方案的合法性和合理性。他们可以根据具体情况提供针对性的法律建议和指导。
关注当地政策与规定：
- 不同地区可能对孕妇员工的赔偿问题有不同的政策和规定。因此，用人单位在处理此类问题时还需关注当地的相关政策和规定，以确保符合当地的要求和标准。
综上所述，公司撤店时对孕妇员工的赔偿问题需要综合考虑法律法规、特殊保护政策以及双方的具体情况。用人单位应依法支付经济补偿金，并尽可能为孕妇员工提供合理的解决方案和额外的补偿。同时，双方也应保持充分的协商与沟通，以维护良好的劳动关系和避免不必要的法律纠纷。