当公司部门裁撤涉及到孕妇员工时，公司必须严格遵守相关法律法规，确保合法合规地处理这一特殊情况。以下是对公司撤部门时孕妇员工赔偿问题的详细解答：

一、公司责任与义务

1. 优先调岗：

   • 若孕妇员工有工作能力且没有过错，公司不能仅因其怀孕就解除劳动合同。
   • 公司应优先为孕妇员工调岗，安排适合其身体状况的工作，以确保其能继续在公司工作并保障其权益。

2. 解除劳动合同的规定：

   • 若确实需要解除劳动合同，公司必须提前三十天以书面形式通知孕妇员工，或者额外支付一个月工资后再解除。
   • 同时，公司应按照法律规定给孕妇员工支付经济补偿。

3. 工资和福利待遇：

   • 在孕期、产期、哺乳期，公司不能降低孕妇员工的工资待遇。
   • 孕妇员工应享受相应的产假等福利，确保其特殊时期得到应有的照顾和权益保障。

二、赔偿原则与标准

1. 违法解除劳动合同的赔偿：

   • 公司辞退孕妇员工属于违法解除劳动合同，需支付赔偿金。
   • 赔偿金计算标准为经济补偿金的两倍。经济补偿金按孕妇员工在本单位工作年限计算，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

2. 特殊情况处理：

   • 若孕妇员工月工资高于所在地区上年度职工月平均工资的三倍，经济补偿金按该月平均工资的三倍支付，但支付年限最高不超过十二年。

三、孕妇员工的其他权益

1. 恢复劳动关系：

   • 孕妇员工有权要求公司恢复劳动关系，继续履行劳动合同，并按原工资待遇支付从违法解除到恢复期间的工资。

2. 加班费和其他应得收入：

   • 孕妇员工有权要求公司一次性付清被裁员前未支付的加班费或其他应得收入。

四、劳动合同的续延

• 女职工在孕期、产期、哺乳期内，即使劳动合同期满，也应续延至相应情形消失时终止。
• 公司不能以劳动合同到期为由终止与孕妇员工的劳动关系。

五、维权途径

1. 协商：

   • 孕妇员工可首先尝试与公司协商，寻求和解。

2. 劳动仲裁：

   • 协商不成时，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

3. 诉讼：

   • 对仲裁结果不服的，可向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

综上所述，公司撤部门时必须特别注意保护孕妇员工的合法权益。一旦违法辞退孕妇员工，公司将面临恢复劳动关系或支付双倍经济补偿金的法律责任。同时，孕妇员工也应了解自己的权益和维权途径，以确保自身合法权益不受侵害。