当员工不承认离职而公司面临此情况时，公司可以采取以下措施来应对：
核实离职流程与证据：
- 检查离职手续：公司应首先回顾内部的离职流程，确认是否已按照规定程序接收并处理了员工的离职申请。这包括检查是否有员工签字的离职申请书、离职交接单等相关文件。
- 收集证据：若公司怀疑员工未正式提交离职申请或存在其他争议，应积极收集相关证据。这可能包括电子邮件、短信、微信等通讯记录，以及监控录像（如适用）等，以证明员工是否已表达离职意愿或已完成离职手续。
与员工进行沟通：
- 初步沟通：公司可以尝试与员工进行面对面的沟通，了解其不承认离职的具体原因。可能是员工对离职流程不了解、存在误解，或者有其他个人原因。
- 提供证据：在沟通过程中，公司可以向员工展示已收集的证据，以证明其已按照规定程序接收了离职申请。同时，也可以听取员工的解释和意见，寻求双方都能接受的解决方案。
依据公司规章制度处理：
- 规章制度：公司应依据内部规章制度来处理此类争议。如果规章制度中明确规定了离职流程、离职申请的提交方式以及不承认离职的处理办法等，公司可以按照规章制度来执行。
- 纪律处分：若员工确实存在违反公司规章制度的行为，如未按规定提交离职申请、擅自离职等，公司可以根据规章制度给予相应的纪律处分。
寻求法律途径解决：
- 劳动仲裁：如果与员工沟通无果，且公司认为员工的离职行为给公司造成了损失或存在其他争议，公司可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，公司需要提交仲裁申请书、相关证据材料以及公司规章制度等文件。
- 法律诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，或者公司认为员工的离职行为涉及更严重的法律问题（如侵犯商业秘密、竞业限制违约等），公司还可以向人民法院提起诉讼。
预防措施与建议：
- 完善离职流程：为避免类似争议的发生，公司应完善离职流程，明确离职申请的提交方式、审批程序以及离职交接等环节的要求。
- 加强员工培训：公司可以定期对员工进行劳动法律法规和公司规章制度的培训，提高员工的法律意识和合规意识。
- 保留证据意识：在日常管理中，公司应增强保留证据的意识，及时收集和保存与员工离职相关的证据材料，以备不时之需。
示例说明：
假设某员工未按照公司规定提交书面离职申请，而是通过口头方式表达离职意愿后擅自离职。公司发现后，可以首先与员工进行沟通，了解其离职原因和意图。如果员工不承认离职或拒绝配合办理离职手续，公司可以依据内部规章制度给予相应的纪律处分，并收集相关证据（如通讯记录、监控录像等）以证明员工的离职行为。如果争议无法解决，公司可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自身权益。
法律背景：
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者解除劳动合同应当提前通知用人单位，并按照规定程序办理离职手续。如果劳动者未按照规定程序解除劳动合同或擅自离职给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。同时，用人单位也有权依据内部规章制度对劳动者的违规行为进行纪律处分。
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